Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2016

• ...

Практикум 6. Задание

1. Создайте страничку с описанием выданного белка

1. Озаглавьте страницу: Описание <XXX> из генома бактерии (или археи, если вам выдана архея) <YYY>. Вместо <XXX> в названии вставьте в родительном падеже (описание чего?) перевод на русский язык описания белка, которое указано в БД (поле product). Обратите внимание, что латинское название организма принято писать курсивом, а детали типа штамма - не курсивом. НАПРИМЕР: Bradyrhizobium sp. CCGE-LA001. Вставьте это название в тэг TITLE и в виде заголовка внутри страницы (тэг H1 или другой).

2. Вставьте последовательность своего белка в формате FASTA на страничку (результат из pr5).

3. Заполните на страничке таблицу 1 (используйте только уже проверенные через форму из предыдущего pr5 значения!)

   • "Идентификатор генома" – это идентификатор, который указывается в первой строке того файла .gbk , в котором вы нашли свой белок. Если геном вашего организма в базе данных представлен несколькими фрагментами (например, несколькими хромосомами, или хромосомой и плазмидами), то назовите этот параметр в таблице "Идентификатор фрагмента генома".

Образец оформления таблицы:

Таблица 1. Описание <XXX> из генома бактерии (или археи, если вам выдана архея) <YYY>

2. Создайте и добавьте на страничку рисунок с изображением геномного окружения своего белка

1. Получите изображение геномного окружения для своего белка.

   • Откройте геномный браузер для своего генома. Для этого откройте сайт NCBI, из выпадающего меню (где стоит All Databases) выберите Nucleotide, а в поле справа вставьте идентификатор генома (или его фрагмента), в котором нашелся выданный вам белок. Нажмите кнопку "Search", а потом - ссылку "Graphics".

   • В поле Find: вставьте координаты гена своего белка (в таком же виде, как у вас в таблице) и нажмите клавишу "Enter": браузер переместит вас к выбранной области.

   • Немного отдалите "камеру", чтобы в поле зрения попали 1-2 окружающих гена.

   • Включите режим просмотра рамок считывания (кнопка Tracks -> вкладка Sequence -> галочка на Six frames translation).

   • Сохраните рисунок в виде pdf (кнопка Tools -> пункт Downloads -> PDF file -> Create PDF-file, а потом щелкните по появившейся короткой ссылке).

   • Сохраните этот же рисунок в формате png и вставьте на свою страничку. Для этого:

     • Откройте сохраненный рисунок в программе Adobe Acrobat, установите величину Zoom на примерно 150% и скопируйте рисунок в буфер обмена (меню Редактрирование -> Сделать снимок), потом <Ctrl + A> чтобы выделить все, <Ctrl + С> чтобы скопировать в буфер обмена.

     • Откройте Paint или другой редактор картинок.

     • Вставьте изображение из буфера (<Ctrl + V>).

     • Обрежьте края рисунка так, чтобы они соответствовали изображению (не оставляйте огромных пустых белых полей).

     • Сохраните рисунок в формате png (в Paint: меню Файл -> Сохранить как и выбираете формат).

     • Убедитесь (с помощью FAR), что расширение у файла написано маленькими буквами (Windows не отличает регистр букв, а Linux, на котором работает web-сервер, отличает).

2. Вставьте подзаголовок на страницу: "Геномное окружение гена изучаемого белка". Под этим подзаголовком вставьте рисунок с геномным окружением, и напишите (в свободной форме) текст, описывающий ваши наблюдения в связи с этим рисунком.

Образец оформления подписи к рисунку:

<ТУТ ВАШ РИСУНОК>

Рисунок 1. Геномное окружение гена белка <XXX> (идентификатор белка <ZZZ>) (соответственно, <XXX> - название вашего белка на русском языке, а <ZZZ> - protein_id вашего белка. Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI. Тут можно подробнее описать, что видно на рисунке - что показано красными стрелками и т.п.