Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Теоретические вопросы к коллоквиуму по блоку 2

Практикум 5: Метаболические пути

  1. Что такое «метаболический путь»? Приведите пример какого-нибудь метаболического пути, кратко опишите его функциональную роль и распространенность среди живых организмов (у кого есть, у кого нет).
  2. Чем субстрат фермента отличается от кофактора? Приведите примеры нескольких известных вам кофакторов (неорганических и органических) и объясните, для чего они могут быть нужны.
  3. По какому принципу построена классификация ферментов по коду EC? Назовите известные вам классы ферментов.
  4. Для чего в клетке используется аденозинтрифосфат (АТФ)? Приведите несколько примеров.

Практикум 6: Геномное окружение

  1. Что такое «оперон»? Изобразите схему оперона, подпишите ее элементы и объясните, в чем состоит роль каждого.
  2. Что такое «оперон»? У каких организмов встречаются опероны? Назовите несколько примеров клеточных систем / белковых комплексов, гены которых организованы в опероны.
  3. О чем может свидетельствовать частая встречаемость гомологов нескольких генов рядом друг с другом в разных геномах?

Практикум 7: Мембранные белки

  1. В чем отличие мембранной среды от водной? Какие требования налагаются на структуру главной цепи (backbone) белка, чтобы он мог существовать в мембранной среде?
  2. Толщина бактериальной мембраны составляет, по грубой оценке, 40Å. Оцените (грубо) минимальное число остатков, которое должно содержаться в трансмембранной спирали, чтобы она находилась в мембране. Примите число остатков на виток 3.5, а шаг спирали 5.4Å. Почему это число в реальных белках часто может быть больше?
  3. Какие клеточные функции выполняют мембранные белки? Приведите примеры.