2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
Программа коллоквиума 1 марта 2019
На коллоквиуме нужно будет:
- Открыть в MEGA выравнивание последовательностей белков отобранных вами протеобактерий, ответить на вопрос, что это за белки.
- Реконструировать филогению указанным методом.
- Указать на дереве все нетривиальные ветви.
- Открыть на своей странице изображение эталонного дерева данных организмов. Сказать, отличается ли топология реконструированного дерева от топологии эталонного. Если отличается, то указать различающиеся ветви. Если нет, то объяснить, почему. То же про укоренение.
- Провести бутстреп-анализ (метод Neighbor-Joining, число реплик 100).
- Объяснить, как проводится бутстреп-анализ, в частности, смысл чисел на ветвях.
- Отличаются ли по топологии два дерева ("Original tree" и “Consensus tree”), если да, то какими ветвями? Какое дерево ближе к эталонному?
- Открыть в MEGA выравнивание белков с добавленной последовательностью BACSU.
- Реконструировать дерево методом Maximum parsimony.
- Укоренить в ветвь, отделяющую BACSU.
- Получить изображение укоренённого дерева протеобактерий (без BACSU). Прокомментировать качество реконструкции (топологию и укоренение).
- Открыть в MEGA выравнивание последовательностей 16S РНК, провести реконструкцию, прокомментировать аналогично белкам.
Все файлы должны быть готовы заранее, при этом лежать в таких директориях и называться так, чтобы вы их находили без проблем, с первой попытки. Последовательности в выравниваниях должны называться мнемониками видов.
Кроме того, нужно будет проделать какое-нибудь упражнение из следующего списка:
- Дано неукоренённое дерево. Нарисовать его укоренение в заданную преподавателем ветвь.
- Дано неразрешённое дерево. Нарисовать какое-нибудь его разрешение.
- Дано дерево. Нарисовать неразрешённое дерево, получаемое удалением указанной преподавателем ветви.
- Дано два дерева с совпадающими наборами листьев. Нарисовать их консенсус.
- Дано дерево. Нарисовать два дерева, получаемых локальными перестройками (NNI) по указанной преподавателем ветви.
и ответить на один-два вопроса из следующего списка:
- Что такое ортологи и паралоги?
- Почему дерево ортологичных белков не всегда совпадает с деревом соответствующих организмов?
- Что такое "ультраметрическое дерево"?
- Что такое свойство "аддитивности" (расстояний между листьями по дереву)
- Объяснить, как расстояния между последовательностями оцениваются на основании принципа наибольшего правдоподобия.
Сколько ветвей у разрешённого дерева с n листьями? Сколько из них нетривиальных?