Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Программа коллоквиума 1 марта 2019

На коллоквиуме нужно будет:

  1. Открыть в MEGA выравнивание последовательностей белков отобранных вами протеобактерий, ответить на вопрос, что это за белки.
  2. Реконструировать филогению указанным методом.
  3. Указать на дереве все нетривиальные ветви.
  4. Открыть на своей странице изображение эталонного дерева данных организмов. Сказать, отличается ли топология реконструированного дерева от топологии эталонного. Если отличается, то указать различающиеся ветви. Если нет, то объяснить, почему. То же про укоренение.
  5. Провести бутстреп-анализ (метод Neighbor-Joining, число реплик 100).
  6. Объяснить, как проводится бутстреп-анализ, в частности, смысл чисел на ветвях.
  7. Отличаются ли по топологии два дерева ("Original tree" и “Consensus tree”), если да, то какими ветвями? Какое дерево ближе к эталонному?
  8. Открыть в MEGA выравнивание белков с добавленной последовательностью BACSU.
  9. Реконструировать дерево методом Maximum parsimony.
  10. Укоренить в ветвь, отделяющую BACSU.
  11. Получить изображение укоренённого дерева протеобактерий (без BACSU). Прокомментировать качество реконструкции (топологию и укоренение).
  12. Открыть в MEGA выравнивание последовательностей 16S РНК, провести реконструкцию, прокомментировать аналогично белкам.

Все файлы должны быть готовы заранее, при этом лежать в таких директориях и называться так, чтобы вы их находили без проблем, с первой попытки. Последовательности в выравниваниях должны называться мнемониками видов.

Кроме того, нужно будет проделать какое-нибудь упражнение из следующего списка:

и ответить на один-два вопроса из следующего списка: