Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия.

Из нижеследующего списка протеобактерий выберите 7–8 названий.

Название

Мнемоника

Acidiphilium cryptum

ACICJ

Agrobacterium fabrum

AGRFC

Aromatoleum aromaticum

AROAE

Bartonella henselae

BARHE

Bordetella pertussis

BORPE

Brucella suis

BRUSU

Burkholderia cenocepacia

BURCA

Escherichia coli

ECOLI

Haemophilus influenzae

HAEIN

Neisseria meningitidis

NEIMA

Paracoccus denitrificans

PARDP

Pasteurella multocida

PASMU

Polynucleobacter asymbioticus

POLAQ

Proteus mirabilis

PROMH

Pseudomonas aeruginosa

PSEAE

Pseudomonas mendocina

PSEMY

Rhizobium meliloti

RHIME

Roseobacter denitrificans

ROSDO

Saccharophagus degradans

SACD2

Serratia proteamaculans

SERP5

Shewanella denitrificans

SHEDO

Thiobacillus denitrificans

THIDA

Yersinia pestis

YERPE

Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:

http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_17/term4/spectree.png

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.


Пример отчёта

(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).

http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_17/term4/example.png