Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Занятие 5

Отчёт по занятию должен быть выложен на сайт, со ссылкой со страницы семестра, до 23:59 7 апреля (четверг) 2019 г.

1. Работа с KEGG PATHWAY

Выберите для дальнейшей работы один из следующих биохимических путей:

  1. Метаболизм инозитолфосфата;
  2. Метаболизм простых эфиров (ether);
  3. Биосинтез лизина;
  4. Метаболизм глутатиона;
  5. Метаболизм пантоненовой кислоты и КоА;
  6. Биосинтез каротиноидов;
  7. ... или какой-нибудь другой, который нравится! Полный список путей можно увидеть, щелкнув на ссылку KEGG PATHWAY на главной странице БД KEGG.


Вставьте на страницу заголовок: "Общие сведения о метаболическом пути XXX". Под этим заголовком сделайте следующее:


Вставьте на страницу заголовок: "Метаболический путь XXX в разных доменах жизни"

2. Работа с KEGG REACTION

Вставьте на страницу заголовок: "Реакция <...> в базе данных KEGG" (где вместо <...> напишите разумное название данной реакции: например, реакция окисления такого-то вещества, или реакция восстановления другого-то вещества).

Подсказка: покрасить ту или иную реакцию можно средствами самого KEGG так, как вам хочется. На странице с метаболическим путем выберите пункт "User data mapping". В появившееся окно можно вводить любой идентификатор (для реакции, для ортологичного ряда, код EC), и после пробела давать цвета, в которые нужно покрасить встретившиеся на этой карте элементы (первый цвет - фона, а второй - шрифта).

Например: попробуйте следующие варианты для пути "Fatty acid degradation":

  • R04754 #00FFFF,yellow
  • 1.3.3.6 #00FFFF,yellow
  • K06445 #00FFFF,yellow

3. Дополнительные задания

1. Найдите и охарактеризуйте метаболический путь, выбранный Вами для выполнения заданий по БД KEGG в одной из альтернативных баз данных метаболических путей: Reactome и/или Metacyc. Есть ли какие-то отличия? Вставьте на Вашу страничку картинки, позволяющие это проиллюстрировать.

2. Какая база на Ваш взгляд оказалась удобнее? В чем? Где больше понравилось работать? Есть ли разница в предлагаемой информации?