Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Макромолекулярный докинг

Суть задания ознакомиться с программой ZDOCK и сделать предсказание о свзывании фрагмента антитела (VHH domain) c панкреатической альфа-амилазой.

  1. Вся работа будет происходить на kodomo в Putty или jupyter notebook, перед началом работы укажем путь к zdock:

   1 export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/preps/golovin/progs/lib
   2 export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
  1. Скопируем в рабочую директорию файлы amilase.pdb,camelid.pdb и uniCHARMM из http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/.

  2. Обратите внимание, что в файле amilase.pdb есть некоторые водороды. Давайте добавим водороды к обоим pdb исполльзуя pdb2gmx из Gromacs.
    • Пример:

   1 pdb2gmx -f мой.pdb -o мой_h.pdb -p
  1. С помощью утилиты mark_sur проведём препроцессинг файлов pdb.

    • Пример:

   1 mark_sur my.pdb my_m.pdb
  1. Постарайтесь разобраться в том, что делает утилита mark_sur, внесите ваше предположение в отчёт.

  2. Прочитайте информацию об использовании zdock просто запустив его.

Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER

Установлено, что:

1. замечательной программе zrank очень нужна пустая строка до начала записей об атомах.

2. полезно убрать именно вторую строчку из копии zdock.out (zdock.out.cp) и использовать её для работы zrank.

  1. Запустите сам процесс докинга.
  2. Проведите предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank:
       1 zrank zdock.out.cp 1 2000
       2 
       3 sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head
    
    • или
       1 ln -s /home/preps/golovin/progs/bin/create_lig 
       2 create.pl zdock.out
       3 ls complex*pdb >list
       4 zrank list
    
  3. Визуально сравните результаты с известной структурой 1kxt.
  4. Если Вас результат не устроил, попробуйте опцию -D программы zdock

  5. Попробуйте найти в ваших результатах структуру наиболее близкую к результату РСА. Используйте скрипт на bash с использованием g_rms.