Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2018
Under construction
Завершающая контрольная
Что можно использовать в контрольной
Ранее написанные вами модули, функции и программы
- Подсказки к заданиям блока 3.
- Гугл
Чего не должно быть в контрольной
Списывания программ, использования программ, модулей и функций, написанных ранее другими студентами
- Почему?
- Стыдно
- Не научитесь тому, чему мы учили
- Если проверяющий обнаружит списывание (обычно, списывание легко обнаружить по мелким приметам), то расскажет другим преподавателям, и вы потеряете репутацию в глазах преподавателей.
Правила оформления программы для проверки
- Выполненное задание – программа – должна лежать в директории ~/term1/block3/credits
Она должна называться так cw1_<номер задания>.py
Например, cw1_1.2.py или cw1_2.py (cw имеет номер 1 потому, что это первая попытка; желаю вам, чтобы она была и последней!)
- Выходные файлы программы (если программа создает таковые) должны лежать в той же директории creits.
- Файлы, нужные для выполнения некоторых программ или для тестирования других,лежат на диске P. Точный адрес директории c этими файлами на kodomo такой: /P/y18/term1/block3/cw1/
Нужные файлы из нее можете скопировать к себе в директорию credits или писать полный путь к ним и имя файла после последнего / как имя читаемого файла.
Также в поддиректориях fasta, gbk, pdb директории /P/y18/term1/block3/ лежат примеры файлов соответствующих форматов.
Рекомендуемый путь отладки и выполнения программы
Программу создавать в своей директории term1/block3/pr11 на kodomo, например, с помощью редактора FAR. Программу запускать для отладки на сервере kodomo, зайдя на него с помощью putty и перейдя в свою директорию pr11. Запускать (в окне putty) командой python3.6 <имя программы> <аргументы, если предусмотрены>
- Если программа работает, то скопировать ее в credits
- И проверить ее работу еще раз - в credits. "Береженого бог бережет!"
Что может быть в контрольной
- Получение в программе аргументов командной строки. Например, имени входного файла
- Чтение текстового файла построчно
- Создание нового файла и запись в него новых строчек
- Использование знака табулятора ('\t') как разделителя слов и знака конца строки ('\n') при формировании строки выходного файла
использование цикла for по элементам списка (словаря, множества) . Не забывайте : в конце строки с for и отступа на четыре пробела для команд тела цикла.
- print()
- Списки и их методы
- Получение элемента списка с заданным номером или группы элементов, идущих подряд от - до.
- метод .sort() для списка
- range()
- Получение pdb файла из базы данных PDB по pdb-коду.
- Словари и их методы
- Строки и их методы
- strip()
- split()
логические операторы ==, !=, <, <= и др., and, or, not, a in b (если b - список, словарь - и a ключ словаря, строка)
Все, что проходили в блоке 3