Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2018

Подсказка преподавателю: кандидат для вызова к доске: Белов Леонид (только из: 1, 2)

Семестр 1

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

Записаться в очередь на проверку

Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий

Список записавшихся в очередь на проверку


Здесь вы можете задать глупый (можно анонимно) или умный (можно не анонимно) вопрос преподавателям по программе. ПДД

Здесь можно увидеть ответы на вопросы

Новости

23 ноября

Проверяйте свои странички на валидаторах для HTML и для CSS перед отправкой на проверку. Оставляю за собой право не проверять невалидные страницы. Если не можете разобраться с тем, что выдает валидатор – пишите письма или задавайте вопросы через форму.

— ИР

23 ноября

Господа студенты!

Напоминаю, что у Вас осталась неделя на оценку сайтов однокурсников. Утром 30 ноября я отключу форму для оценки от ведомости. Те из вас, кто не успеет оценить странички однокурсников, получат лишь пятую часть от оценки вашего сайта другими.

Проставленные оценки и комментарии Вы можете найти в ведомости на листах html-marks и html-summary. Результирующая оценка прибавляется к баллам за 6 практикум.

— ИР

30 октября

Коллеги!

Сообщаю, что задания практикума 8 и подсказки отредактированы и не будут изменяться впредь.

Приношу извинения за задержку, моя вина.

Deadlin'ы продлил соответственно задержке. См в ведомости.

Напоминаю, чтобы вы не боялись большого числа заданий! Для зачета практикума достаточно набрать требуемое число баллов, которое указано в заданиях - 4 балла пр.7 и 5 баллов пр.8

Успехов!

С вами интересно!

— ААл

29 октября

Коллеги!

Мне обидно: ряд студентов написали много программ, заданных на практ.7, но проверить их я не могу :( Мой скрипт не находит их в предназначенной для них директории: ~/term1/block3/credits/ Здесь "~" - ваша кореневая директория.

В ней, и только в ней, должны лежать ваши программы!!! Не прокатит и такой вариант: ~/term1/block3/credits/pr7 . Номер практикума определяется по имени файла с программой. Никаких поддиректорий в credits не предполагается. Ошибки в именах программ также наблюдаются: pr7_hypothenuse.py не равно pr7_hypothenyse.py и не равно pr7_ hypothenuse.py. С последним я долго мучался пытаясь понять в чем отличие - шрифт был мелкий.

Копируйте файлы в предназначенную для проверок директорию и не допускайте опечаток, чтобы не обижаться, почему ваша работа не проверена.

— ААл

26 октября

Совсем забыл сказать на занятии, создана форма для проверки сайтов однокурсников! Смотрите ссылки в конце блока 2.

— ИР

3 октября

Д.Пензар создал форму для вопросов преподавателям и ответов. См. выше. Попробуйте, удобна ли.

— ААл

29 сентября

Создал страничку с ответами на те вопросы по блоку 2, которые получаю по почте. Советую почитывать, думаю многим будет полезно.

— ИР

22 сентября

Коллеги! Начиная с практикума 3, необходимо сообщать о выполнении всех обязательных заданий практикума путем заполнения формы "записаться в очередь на проверку"

— ААл

Блок 1: Файловая система. FAR. Геном как файл.

1. Знакомство. Что такое биоинформатика?

7 сентября

А. Алексеевский, С.А.Спирин, А.О. Залевский, И.С.Русинов

[ презентация Геном Otzi ] [ задания ] [ подсказки ]

2. Внутренности компьютера. Организация работы в компьютерном классе.

14 сентября

А.О. Залевский,А.В. Алексеевский

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

3. Программа Far Manager. Знакомство с геномом.

21 сентября

А.В. Алексеевский, C.А. Спирин

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ] [ программа зачёта по FAR ]

Блок 2: Создание персональных HTML страниц.

[ FAQ по блоку 2 ]

4. Основы HTML.

28 сентября

И. Русинов, С.А. Спирин, А.В. Алексеевский

[ задания ] [ подсказки ]

5. HTML таблицы, CSS (начало), NCBI Protein.

5 октября

И. Русинов, А.В. Алексеевский

[ задания ] [ список белков ]

6. CSS (продолжение), Геномный браузер NCBI.

12 октября

И. Русинов, А.В. Алексеевский

[ задания ] [ заготовка отчета ]

Проверка сайтов однокурсников.

[ правила ] [ кто кого проверяет ] [ форма для оценки страниц HTML ]

Блок 3: Введение в программирование на языке python

[ Правила оформления программ для проверки ]

[ Описание базовых вещей python2.7 ] Автор: Д.Диброва. Есть небольшие различия с python3

Закомментил ПДД - Там много лишнего и много нерелевантного и фактически ничуть не сложнее уж тогда сразу в документацию лезть, тем более отличий между Python2 и Python3 хватает

Разкомментировал ААл - Там текст написан внятно. Студенты! Кого поддержите: меня или Пензара? Ждем отзывов о полезности вышеприведенной ссылки.

30 октября

Коллеги!

Программа написана не тогда, когда Вы написали все команды в соответствующем файле. А тогда, когда вы отладили её, т.е. убедились, что она работает.

А именно, запустили ее несколько раз с разными значениями параметров и получили ожидаемый ответ.

Первая стадия - запускать программу на своем компьютере. Если python не запускается из командной строки так, как вы это ожидали,несмотря на то, что вы его установили на своем компьютере, то: найдите директорию Python (или Python36) на диске С:. Скорее всего она будет поддиректорией директории Program Files или вроде того. В ней найдите файл python.exe или python3.6.exe. Это и есть программа, которую надо вызывать. Паллиативное решение - для запуска пропишите полный путь C:... к этой программе. Правильное решение - прописать этот путь в переменной PATH, но ответа как это сделать меня нет :(

Вторая стадия - скопировать программу в директорию credits на kodomo; запустить программу там с помощью Putty. См. "Правила оформления программ", там есть про то, как это сделать. Проблему с кодировкой уже наблюдал в одном выполненном задании. Сообщаю, что Python3.6 любит кодировку UTF-8

— ААл

7. Что такое программа. Основные типы данных и операции в python

19 октября

А.С. Ершова, А.В. Алексеевский, И.С. Русинов, Д.Д. Пензар, С.А. Спирин

[ задания ] [ подсказки ] [ лекция ПДД, Python ] [ лекция ПДД, Python (jupyter-notebook) ] [ лекция ПДД, введение ]

8. Списки, циклы по спискам. Чтение файла, запись в файл. Методы строк и списков

26 октября

А.С. Ершова, А.В. Алексеевский, И.С. Русинов, Д.Д. Пензар

[ задания ] [ подсказки ] [ лекция ПДД ] [ лекция ПДД, jupyter-notebook ]

Дорогие коллеги, я сделал тесты для программ из первого домашнего задания.

Ссылка для регистрации, надо залогиниться (через свой гугл-аккаунт, например).

Обратите внимание, что в большинстве случаев вам надо помещать ваш код в конструкцию

if __name__ == "__main__":

Это сделано для того, чтобы можно было более гибко проверять ваши программы, кроме того, это потребуется для проверки работы ваших программ с командной строкой. К сожалению, Repl.it такой функциональности без полукостыля с моей стороны предоставлять не захотел.

Вообще говоря структура if __name__ == "__main__" является общепринятой и даже хороший тон добавлять ее в свои скрипты. Так что ничего страшного) Поведения ваших программ нарушено ею не будет.

Завтра я добавлю тесты для заданий второй домашней работы. Советую побыстрее осваиваться в Repl.it

— ПДД

Дорогие коллеги, несколько слов по Repl.it

1) Как я уже говорил выше — убедитесь, что весь ваш код (кроме функций и import), находится в if __name__ == "__main__" блоке, иначе, вероятнее всего, вы никаких тестов не пройдете. Почему так происходит — можете посмотреть в последней лекции в разделе "Модули"

2) По прохождении всех тестов нажимайте кнопку submit. Иначе ваше решение у меня не появится

3) Если долго не можете пройти тесты и думаете, что либо ошибка не у вас, либо не можете ее найти уж совсем — то нажимайте кнопку submit и дальше жмите Submit anyway до победного - тогда я увижу ваш код и смогу его откомментировать и послать обратно, если ошибка с вашей стороны или принять и поправить тесты для остальных, если ошибка с моей.

4) Внимательно читайте условия! Если ваша программа должна выдавать файл с заголовком, то он (заголовок) должен быть, иначе чуда не будет.

5) Сообщение об ошибке должно содержать слово "error" в любом регистре

6) САМОЕ ВАЖНОЕ: читайте условие. Если в условии надо округлять — округляйте. Если в условии ничего не сказано про обработку ошибок, то ваша программа не должна их выдавать на тестах.

— ПДД

9. Функции, модули, библиотеки. Исключения

2 ноября

А.С. Ершова, А.В. Алексеевский, И.С. Русинов, Д.Д. Пензар, С.А. Спирин

[ задания ] [ подсказки ] [ лекция ПДД ] [ лекция ПДД, jupyter-notebook ]

10. Чтение файлов через интернет. Упорядочение списка. Подготовка к заключительной контрольной

9 ноября

А.С. Ершова, А.В. Алексеевский, И.С. Русинов, Д.Д. Пензар

[ задания ] [ подсказки ]

11. Большая контрольная работа

16 ноября

А.С. Ершова, А.В. Алексеевский, И.С. Русинов, Д.Д. Пензар

[ о контрольной ] [ задания ]

Блок 4: Электронные таблицы

12. Основы Excel: лист, таблица, ячейка, адрес, функция

23 ноября

С.А.Спирин

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

13. Работа с данными в Excel: сортировка, фильтр, сводная таблица, гистограмма, связь таблиц

30 ноября

С.А.Спирин

[ задания ]

14. Мини-обзор

7 декабря

С.А.Спирин

[ задания ]

Зачёт по работе с Excel

14 декабря

К зачёту необходимо практически освоить всё, описанное здесь, и продемонстрировать это преподавателям.

Кроме того, успевшие сделать отчёт по бактерии смогут его показать, а немного не успевшие — доделать, имея возможность задавать вопросы.

Файл для тренировки есть здесь.