Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2018

Практикум 3. Задания

  1. Настройте FAR-manager и сохраните настройки. Создайте необходимые директории.
  2. Сохраните геном выданного вам вируса в формате fasta в директории credits
  3. Опишите вирус в протоколе (файл в текстовом формате), скопируйте протокол в директорию credits
  4. Внесите информацию о вирусе и его геноме в google-форму

Детализация заданий

  1. См. также подсказки

    1. Настройка окна FAR
    2. Настройка связи с (i) сервером kodomo; (ii) ftp сервером NCBI
    3. Создание директории pr3 в нужном месте дерева директорий - по аналогии с pr1
    4. Создание в ней файла xxxxxxx_report_pr3.txt; xxxxxxx - ваша фамилия латинскими буквами

    5. Настройка двух панелей. Одна - диск H:\term1\block1\pr3, другая - та же директория на сервере kodomo, связь через SCP (пользуясь NetBox)

    6. Сохраните настройки FAR
  2. Свяжитесь с сервером NCBI по ftp. Выберите директорию с вирусом и из неё сохраните в pr3:
    1. файлы с расширениями .gbk (фрагменты генома в формате genebank);
    2. файлы с расширениями .ffn (те же фрагменты - в формате .fasta);
    3. файлы с расширениями .faa (последовательности белков, закодированных в геноме вируса)
    4. Создайте в директории credits файл xxxxxxx_genome.fasta и скопируйте в него все фрагменты генома, один за другим
  3. Соберите в отчете xxxxxxx_report_virus.txt информацию о вирусе, нужную для заполнения формы, и любую дополнительную - о вашем вирусе - пригодится для создания html страницы вируса. Отредактируйте отчет, чтобы он был читаем для проверяющего, и скопируйте в директорию credits

    1. Создайте в директории credits файл xxxxxxx_secret.txt и напишите в нем секретное слово латинскими буквами. Оно нужно будет для заполнения формы. Установите такие права на чтение этого файла: владелец - да, группа - нет, остальные - да (чтобы преподаватели могли проверить)

  4. Внесите информацию о вирусе и его геноме в google-форму форма для сохранения информации о вирусе

Проверяемые результаты выполнения заданий этого пратикума:

1. Наличие директории pr3 в нужном месте дерева директорий

2. Наличие в директории credits трех файлов:

(1) файла xxxxxxx_secret.txt с указанными в задании правами доступа

(2) файла xxxxxxx_virus_pr3.fasta в формате FASTA с геномом выбранного вируса

(3)файла xxxxxxx_report_pr3.txt.

Проверяется также адекватность содержания файлов и удобочитаемость файла (3).

3. Информация о геноме в ведомости,автоматически поступающая туда при корректном заполнении формы для выбранного вами вируса