Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2018

Практикум 6. Задание

  1. Создайте заготовку HTML страницы с пустым тегом <body>.

  2. Скопируйте заготовку отчета, вставьте скопированный код в тело тега <body>.

  3. Заполните пропуски в скопированном фрагменте. Вам нужно заменить все #FIXME на что-то содержательное. Если есть вопросы - пишите письма или используйте форму для вопросов на странице семестра!

  4. У страницы должен быть адекватный <title>.

В заготовке отмечены две секции (<section>), по одной на каждое из обязательных заданий.

1. Основная информация о белке

  1. В этом задании Вам нужно оформить в виде таблицы то, что Вы узнали о белке в процессе выполнения предыдущего практикума.
  2. Вставьте ссылку на последовательность белка в FASTA формате.

2. Геномное окружение гена белка

  1. Получите изображение геномного окружения для своего белка.

    • Откройте геномный браузер для своего генома. Для этого перейдите на сайт NCBI, из выпадающего меню (где стоит All Databases) выберите Nucleotide, а в поле справа вставьте идентификатор генома (или его фрагмента), в котором нашелся выданный вам белок. Нажмите кнопку "Search", а потом - ссылку "Graphics".

    • В поле Find: вставьте координаты гена своего белка (в таком же виде, как у вас в таблице) и нажмите клавишу "Enter": браузер (геномный, не веб-) переместит вас к выбранной области.

    • Немного отдалите "камеру", чтобы в поле зрения попали 1-2 окружающих гена.

    • Включите режим просмотра рамок считывания (кнопка Tracks -> вкладка Sequence -> галочка на Six frames translation).

    • Сохраните рисунок в виде pdf (кнопка Tools -> пункт Downloads -> PDF file -> Create PDF-file, а потом щелкните по появившейся короткой ссылке).

    • Сохраните этот же рисунок в формате png и вставьте на свою страничку. Для этого:

      • Откройте сохраненный pdf в программе Adobe Acrobat, установите величину Zoom на примерно 150% и скопируйте рисунок в буфер обмена (меню Редактрирование -> Сделать снимок), потом <Ctrl + A> чтобы выделить все, <Ctrl + С> чтобы скопировать в буфер обмена.

      • Откройте Paint или другой редактор картинок.

      • Вставьте изображение из буфера (<Ctrl + V>).

      • Обрежьте края рисунка так, чтобы они соответствовали изображению (не оставляйте огромных пустых белых полей).

      • Сохраните рисунок в формате png (в Paint: меню Файл -> Сохранить как и выбираете формат).

      • Убедитесь (с помощью FAR), что расширение у файла написано маленькими буквами (Windows не отличает регистр букв, а Linux, на котором работает web-сервер, отличает).

  2. Поместите картинку куда-нибудь внутрь папки public_html. Укажите правильный адрес в src у <img>.

Срок выполнения заданий – начало следующего занятия у первой группы. Это означает, что к этому моменту (9 утра 19 октября): (1) страничка должна лежать на kodomo где-то внутри вашей папки public_html и должна быть доступна через интернет; (2) со страницы первого семестра на нее должна быть ссылка с адекватным названием.

И не забудьте записаться в очередь на проверку! Штрафы за опоздание выставляются автоматически на основании очереди.