2023
2022
2021
2020
2019
2017
2016
2015
Практикум 6. Задание
Создайте заготовку HTML страницы с пустым тегом <body>.
Скопируйте заготовку отчета, вставьте скопированный код в тело тега <body>.
- Заполните пропуски в скопированном фрагменте. Вам нужно заменить все #FIXME на что-то содержательное. Если есть вопросы - пишите письма или используйте форму для вопросов на странице семестра!
У страницы должен быть адекватный <title>.
В заготовке отмечены две секции (<section>), по одной на каждое из обязательных заданий.
1. Основная информация о белке
- В этом задании Вам нужно оформить в виде таблицы то, что Вы узнали о белке в процессе выполнения предыдущего практикума.
- Вставьте ссылку на последовательность белка в FASTA формате.
2. Геномное окружение гена белка
- Получите изображение геномного окружения для своего белка.
Откройте геномный браузер для своего генома. Для этого перейдите на сайт NCBI, из выпадающего меню (где стоит All Databases) выберите Nucleotide, а в поле справа вставьте идентификатор генома (или его фрагмента), в котором нашелся выданный вам белок. Нажмите кнопку "Search", а потом - ссылку "Graphics".
В поле Find: вставьте координаты гена своего белка (в таком же виде, как у вас в таблице) и нажмите клавишу "Enter": браузер (геномный, не веб-) переместит вас к выбранной области.
- Немного отдалите "камеру", чтобы в поле зрения попали 1-2 окружающих гена.
Включите режим просмотра рамок считывания (кнопка Tracks -> вкладка Sequence -> галочка на Six frames translation).
Сохраните рисунок в виде pdf (кнопка Tools -> пункт Downloads -> PDF file -> Create PDF-file, а потом щелкните по появившейся короткой ссылке).
Сохраните этот же рисунок в формате png и вставьте на свою страничку. Для этого:
Откройте сохраненный pdf в программе Adobe Acrobat, установите величину Zoom на примерно 150% и скопируйте рисунок в буфер обмена (меню Редактрирование -> Сделать снимок), потом <Ctrl + A> чтобы выделить все, <Ctrl + С> чтобы скопировать в буфер обмена.
Откройте Paint или другой редактор картинок.
Вставьте изображение из буфера (<Ctrl + V>).
- Обрежьте края рисунка так, чтобы они соответствовали изображению (не оставляйте огромных пустых белых полей).
Сохраните рисунок в формате png (в Paint: меню Файл -> Сохранить как и выбираете формат).
Убедитесь (с помощью FAR), что расширение у файла написано маленькими буквами (Windows не отличает регистр букв, а Linux, на котором работает web-сервер, отличает).
Поместите картинку куда-нибудь внутрь папки public_html. Укажите правильный адрес в src у <img>.
Срок выполнения заданий – начало следующего занятия у первой группы. Это означает, что к этому моменту (9 утра 19 октября): (1) страничка должна лежать на kodomo где-то внутри вашей папки public_html и должна быть доступна через интернет; (2) со страницы первого семестра на нее должна быть ссылка с адекватным названием.
И не забудьте записаться в очередь на проверку! Штрафы за опоздание выставляются автоматически на основании очереди.