Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2018

Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру 21 февраля.

Из нижеследующего списка бактерий отдела фирмикут выберите 7–8 названий.

Название

Мнемоника

Bacillus anthracis

BACAN

Bacillus subtilis

BACSU

Clostridium botulinum

CLOBA

Clostridium tetani

CLOTE

Enterococcus faecalis

ENTFA

Geobacillus kaustophilus

GEOKA

Lactobacillus acidophilus

LACAC

Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus

LACDA

Lactococcus lactis subsp. cremoris

LACLM

Listeria monocytogenes serovar 1/2a

LISMO

Moorella thermoacetica

MOOTA

Staphylococcus aureus

STAAR

Staphylococcus epidermidis

STAES

Streptococcus pyogenes serotype M1

STRP1

Streptococcus pneumoniae serotype 4

STRPN

Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:

http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_18/images/all_tree.png

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.


Пример отчёта

(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).

http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_15/term4/example.png