Новости

30 мая

С 17:30 я в 207-й.

Одновременно будет 1й курс, там разберемся.

— ААл

20 мая

19:30

Готово задание по составлению матрицы PWM вручную по данному выравниванию последовательностей ДНК.

Записались Егор и Валерия. Если еще кто-нибудь хочет его выполнить для зачета темы, то можно это сделать. Время ограничено, надо прислать письмо с итоговой матрицей и, обязательно, расчётами до 9:00 21 мая.

— ААл

Если хотите переписывать указанные ниже КР, войдите в мою комнату прямо сейчас.

https://meet.belozersky.msu.ru/b/and-6rj-27h

Можно

• переписать миниКР по вычислению ожидаемого числа встреч данных слова и паттерна в случайной последовательности ДНК данного размера и нуклеотидного состава

15 мая

Коллеги,

если у Вас не проверены 7 (IC) или 8 (CBcalc) практикумы, пожалуйста, запишитесь в очередь еще раз с соответствующей пометкой (IC или CBcalc) и убедитесь, что Вы указали правильный номер практикума.

— ИР

9 апр.

0.Последнее занятие в блоке 2 завтра, 10го апреля, 9:00

1. Коллоквиума, как такового, 10го апр не будет. Основной способ зачета коллоквиума и блока вцелом - по выполненным заданиям.

2. Deadline по заданию 3 пр. 9 продлен до ночи с 16го на 17е апр (мягкий = жесткому)

3. 10го расскажу как представлять результаты поиска по профилю. Презентация уже открыта под названием "указания по проверке профиля" к пр.9

4. Дописал какие данные нужны для представления результата задания 3 пр.9 (по ссылке "задание")

5. 10го обсудим как принимать задания, заданные на занятии, у тех, кто их не выполнял. Предложения принимаются.

6. О-о-о-очень хочется дать 10го небольшое задание "по русскому языку" в классе. Задание - понятно написать ответ по какой-нибудь теме. Думал по теме "Что такое HMM профиль выравнивания" но еще не решил окончательно.

Эта идея навеяна проверкой текстовых ответов на вопросы теста пр.9. Некоторые ответы были такими, что приходилось угадывать что имел ввиду автор.

ААл

Условия автоматического зачета тем 1 - 8 коллоквиума по блоку 2.

1 - пр.9: тест (3 апр)

2 - пр.6: задание по PWM в классе

3 - пр.7: задание по IC в классе

4 - пр.6 и пр.7: задания по сигналам у коронавирусов; И

• пр.8: задание по сайтам рестрикции

5 - пр.8: задание по psi-blast классное

7 и 8 - пр.9: задания 2 и 3

(темы 6. НЕТ, опечатка в нумерации)

миниКР1 засчитывается если зачтена миниКР2

ААЛ

1 апр

В тесте проверяется знание основных сигналов транскрипции,трансляции и регуляции; видов сигналов; структуры последовательностей сигналов (например, сигналы из двух групп консервативных последовательностей, разделенных неконсервативными)

Для подготовки к написанию теста рекомендую посмотреть презентации пр.7 "что не было рассказано" (сегодня отредактировал и дополнил новыми картинками из разных источников) и к лекции практ.6

Для успеха достаточно запомнить картинки по основным сигналам и, м.б., какой-нибудь понятный вам сигнал из разных в презентаций или еще откуда-нибудь.

29 марта

В пятницу 3 апреля в 9:00 я проведу волонтерское занятие. (волонтеры - я и студенты, которые залогинятся) Идея занятия - предоставить возможность для студентов зачесть как можно больше тем зачета, выполняя простые задания.

В начале занятия будет дан тест про сигналы по signals-unsaid.pptx. Зачет теста автоматически приводит к зачёту темы 1 коллоквиума.

[Можно будет коротко обсудить задания по сигналам у коронавирусов] В лекции расскажу про технологию профилей для белковых последовательностей и БД Pfam. Будет задание (два, классное и до пятница 10 апр). По результатам зачет тем 7 и 8.

Пишите мне на почту, если есть вопросы или пожелания.

ААл

23 марта

Лекции Павла Певзнера (in english)

PWM, MEME и GibbsSampler

1. From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 1)

2. From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 2)

3. From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 3)

4. How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 1)

5. How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 2)

6. How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 3)

HMM

1. Gambling with Yakuza

2. From a Crooked Casino to a Hidden Markov Model

3. The Decoding Problem

4. The Viterbi Algorithm

5. Profile HMMs for Sequence Alignment

6. Classifying Proteins with Profile HMMs

19 марта

1. Студенты, не писавшие миниКР 13 марта узнайте у однокурсников или в wiki что такое 2-е правило Чаргоффа. Пригодится в миниКР 20 марта

2. Посмотрите в Л.6 как задается паттерн в нуклеотидной последовательности, слайды 18, 19. Пригодится в миниКР 20 марта

3. Держите наготове файл с выполненным заданием по построению матрицы PWM из практикума 6. Он может сократить работу по выполнению контрольного задания по IC в конце практикума 7

15 марта После занятия 13 марта решил, что, кровь из носу, добьюсь почти 100% посещения. Признаю свою ошибку, см ссылку https://habr.com/ru/post/491974/

Все остается в силе: начало с миниКР, в конце занятия - небольшая практическая работа с обязательным выполнением до вечера. Но онлайн, ищу способы как это сделать получше.

Работу на занятии, заданную в пятницу, выполнили до вечера 26 студентов (много больше, чем присутствовало). МОЛОДЦЫ!. Остальные могут ее выполнить на этой неделе до пятницы. Узнайте у однокурсников в чем она состояла. Данные доступны на kodomo на диске P:, подсказки - в презентации. СПИСЫВАТЬ НЕЛЬЗЯ! Спрашивать можно кого угодно.

МиниКР 13го перекроется миниКР в пятницу 20го.

ААл