Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2019

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Подсказки к заданиям ААл

См. подсказки для студентов набора 2018 [ здесь ]

Нужно научиться легко и непринужденно входить в свой аккаунт на kodomo c домашнего компьютера

Используя putty, если Windows, или ssh, если Mac или Linux. См. презентацию или ссылку выше - для putty.

30 секунд достаточно? Значит ОК!

Нужно научиться использовать такие команды

• mkdir
• cd
• rmdir
• touch
• echo
• rm
• cp
• ls
• more
• less
• cat

Нужно научиться перенаправлять выходные потоки

• > (перезаписать файл)

• >> (добавить в конец файла)

Есть даже перенаправление входного потока:

• < (передать команде содержимое файла)

и такое:

• | (конвейер)

Пример диалога с bash ("искусственным интеллектом", как назвал его Артур), с которым вы общаетесь в linux

aba@kodomo:~$ cd term1/block1/pr3
aba@kodomo:~/term1/block1/pr3$ touch Alexeevski-pr3.1
aba@kodomo:~/term1/block1/pr3$ ls
Alexeevski-pr3.1
aba@kodomo:~/term1/block1/pr3$ echo "Hello world!" > Alexeevski-pr3.1
aba@kodomo:~/term1/block1/pr3$ cat Alexeevski-pr3.1
Hello world!
aba@kodomo:~/term1/block1/pr3$ wc Alexeevski-pr3.1
 1  2 13 Alexeevski-pr3.1
aba@kodomo:~/term1/block1/pr3$ cat Alexeevski-pr3.1 | wc
      1       2      13
aba@kodomo:~/term1/block1/pr3$

Разберитесь с этим диалогом и аналогично пообщайтесь с bash в своем аккаунте на kodomo. Маленькие подсказки: cat выводит содержимое файла на экран монитора; wc (от word count) сообщает сколько во входных данных строк слов символов.

Нужно выучить названия директорий

• ./
• ..
• /
• ~

Нужно разобраться что такое путь к файлу и как его написать

Примеры:

~/term1/block1/credits/Alexeevski-pr3.1
cd ~/term1/block1/credits/

/home/preps/aba/term1/block1/credits/Alexeevski-pr3.1

из директории term1/block1/pr3 путь к файлу Alexeevski-pr3.1
../credits/Alexeevski-pr3.1

/home/students/y19/artemii/term1/block1/credits 

Нужно разобраться, что значит * и ? в имени файла

Совет, выполните команду

echo cp /home/students/y19/*/term1/block1/credits/*-pr3.1  ./

и посмотрите, что получилось.

Про вопрос прочитайте где-нибудь.

Нужно выучить использование кавычек для текстов

Кавычки бывают такие:

 1. "wc * " (там где буква э)
 2. 'wc * ' (там где буква э)
 3. `wc * ` (там, где буква ё)
 4.  wc *    (без кавычек)

Выполните команду echo c каждым из 4-х указанных выше аргументов. Нужно, чтобы в директории был хотя бы один, а лучше два текстовых файла.

Разницу между кавычками (э) узнаете позже. Также как кавычки (ё), я их привел только для того, чтобы вы не спутали.

5. Проверьте, что все предыдущие задания выполнены правильно

Пример. Такой командой буду проверять, что вы создали правильное дерево директорий.

aba@kodomo:~$ ls -R  term1
term1:
block1

term1/block1:
credits  pr3

term1/block1/credits:
Aak-1.txt

term1/block1/pr3:
aba@kodomo:~$

Прочитайте (ls --help), как видоизменяет команду ls опция -R. Выполните аналогичную команду для проверки имен всех своих поддиректорий и файлов в своей директории term1

Точнее, я выполню такую команду

aba@kodomo:~$ ls -R  /home/students/y19/*/term1 > all-directories

Можете попробовать исполнить такую команду в своем аккаунте.

6. Описать одну опцию одной команды

Как скопировать с экрана монитора ваш диалог с bash

В putty для этого достаточно выделить мышкой нужную часть текста на экране. Выделение автоматически сохраняется в кармане.

Как вставить диалог на wiki странице Между строчками {{{ и }}} вставить (Ctrl V) диалог из кармана.