Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2019

Выучить и освоить к следующему занятию:

  1. Вход на kodomo через putty

  2. Команды:

    • pwd, ls (опции -l, -R, -1 и еще ≥2, разбор строки выхода ls -l), cd, mkdir, rmdir;

    • echo, cp, mv, more, less, cat, rm, wc; опции команды wc;

    • grep

    • man, man -k

    • history, exit

  3. Специальные обозначения директорий:

    • /, .., ., ~ 

  4. Что такое абсолютный и относительный пути к файлу или директории
  5. Операторы перенаправления потоков:

    • >, >>, |

  6. Спецсимволы в масках имен файлов:

    • *, ?, экранирование спецсимвола (например, \* или так '*'), [0-9]

  7. Удобности:

    • tab и tab tab

    • стрелки вверх и вниз
    • копирование с экрана и вставка

    • history

Задания

Результатом выполнения практикума являются файлы:

~/term1/block1/credits/silwer_was_here.dat

~/term1/block1/credits/<username>_was_here.txt

~/term1/block1/credits/<username>_wget_error.log

~ - ваша домашняя директория, не перепутайте!) <> - обозначение для той области, которую вам необходимо заменить. сами знаки <> вводить не нужно.

Перед записью на проверку Вы опять можете проверить соответствие формальным требованиям к расположению и именам файлов с помощью команды (работает из любой папки):

~is_rusinov/check_pr4.sh

— ИР

0. Повтор основ

Создайте директорию ~/term1/block1/pr4 и перейдите в нее

Для подключения к серверу kodomo.fbb.msu.ru из:

* Windows:

Воспользуйтесь программой PuTTY. 

Host Name: kodomo.fbb.msu.ru
Port: 22
Connection type: SSH

Графические инструкции можно найти в лекции.

* GNU/Linux, OS X, etc 

ssh <username>@kodomo.fbb.msu.ru

Умение подключаться из Windows при помощи Putty обязательно

Сначала осмотритесь. Команда pwd (man pwd) покажет вам в какой вы директории. Команда ls (man ls)покажет список файлов и поддиректорий в этой директории.

Используйте команды mkdir (man mkdir) и cd (cd). Например, так.

Чтобы не тратить время на набор лишних символов чаще используйте клавишу Tab (табулятор).

1. Скопируйте файл с другого сервера

При помощи WinSCP (или scp для Linux/macOS) скопируйте файл /home/domain/stud1/silwer_was_here.dat c моего сервера к в директорию ~/term1/block1/credits/

Данные для подключения к моему серверу: 

protocol: scp
hostname: vsb.fbb.msu.ru
port: 22022
login: stud1
passwd: stud1

посмотрите содержимое файла, что вы там видите?

2. Скопируйте файлы с расширением txt из директории /P/y19/term1/Block1/some_strange_files в директорию pr4

Для копирования файлов воспользуйтесь командой cp (man cp)

В простейшем виде синтаксис команды выглядит следующим образом: cp <файл> <имя копии файла>. Внимательно отнеситесь к описанию путей к файлам.

Но копировать файлы по одному достаточно непрактично. Оптимизируйте эту операцию при помощи файловых масок (регулярных выражений).

Проверьте, что получилось (команды ls и less).

Если, случайно, вы скопировали не только нужные файлы, то удалите лишние при помощи команды rm <имя файла>. Вместо имени файла можно написать маску имен файлов. Будьте аккуратны! Корзины и операций восстановления в файлов в GNU/Linux нет. Для перестраховки используйте вызов rm -i или rm -I. Прочитайте в мануале (man rm) за что отвечают эти опции.

3. Определите уникальное содержимое файлов из предыдущего задания

Имеются в виду файлы txt, которые вы себе скопировали.

Вывести содержимое файлов можно при помощи команды cat <one_file> <or_more_files>. (man cat)

Отфильтровать уникальное содержимое можно при помощи команды uniq, только внимательно прочтите документацию (man uniq) к программе перед ее использованием.

Для передачи выдачи одной программы на вход другой воспользуйтесь конвейером ( он же "пайп", знак |), например так: cat smth | uniq.

4. Создайте директорию term1/block1/credits и в ней файл с отчетом <username>_was_here.txt

В файл отчета <username>_was_here.txt внесите следующие строки:

Первая строка: "absolute path to credits dir"

Используйте команду echo <строка>. Когда освоитесь с ней – перенаправьте ее выход в файл оператором ">": echo <строка> > <имя файла>

Вторая строка: сам путь.

Используйте оператор ">>" для дописывания в конец файла

Далее добавьте в этот файл команду, которую вы использовали для копирования файлов по маске.

Далее добавьте в этот файл результат выполнения задания 3 и команду, при помощи которой вы его получили.

Проверьте содержимое файла командой less <имя файла>. Выход "q". Проверьте, появилось ли приглашение командной строки bash: "....$ " .

Содержимое файла можно также заполнить при помощи текстового редактора.

5. Воспользуйтесь командой wget

При помощи команды wget скачайте главную страницу сайта ФББ: 

wget fbb.msu.ru

посмотрите содержимое файла, что вы там видите?

А теперь попробуйте скачать с сайта ФББ страницу какой-нибудь аминокислоты, например: 

wget fbb.msu.ru/ala

выхлоп команды wget перенаправьте в файл ~/term1/block1/credits/<username>_wget_error.log

для перенаправления потоков можно использовать символы:

> - стандартый поток вывода

2> - стандартный поток ошибок

>>, 2>> - дописывать в файл

| - перенаправить стандартный поток вывода в стандартный поток ввода

2>&1 - стандартный поток ошибок в стандартный поток вывода

Для штатного выходы из linux выполните команду exit

Если команда exit не выполнена, а вы закрываете окно, то список выполненных за сеанс команд не запоминается. Значит, при следующем заходе команда history не вспомнит об этих командах.