Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2019

На этой странице вы найдете задания третьего занятия первого блока.


для всех заданий форма отчётности html страница


Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

(обязательное, результаты выполнения нужно привести в отчете)

Упр.1. Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов

Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях. Найдите возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. Сравните с их описанием, полученным ранее с помощью find_pair. Результаты сравнения занесите в таблицу, приведенную ниже. Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре.

Упр.2. Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.

Введите следующие команды, что бы указать путь к RnaFold:

   1 export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin

Программа RNAfold из пакета Viena Rna Package реализует алгоритм Зукера. Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре. Результаты внесите в таблицу, приведенную ниже.

   1 cat my.fasta | RNAfold --MEA

К сожалению Ghost под Windows сломался, используйте консольную утилиту ps2pdf на kodomo

Сохраните и внесите в отчет картинку с лучшим предсказанием, а также укажите, каким по счету оно было.

Если программа не работает используйте web вариант ссылка

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла XXXX.pdb

Участок структуры (расшифровку названий см. на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой)

Позиции в структуре (по результатам find_pair)

Результаты предсказания
с помощью einverted

Результаты предсказания по алгоритму Зукера

Акцепторный стебель


5'-901-907-3'
5'-966-972-3'
Всего 7 пар


предсказано 2 пары из 7 реальных

D-стебель

T-стебель

Антикодоновый стебель

Общее число канонических пар нуклеотидов

См. подсказки..


Задание 2 Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

(обязательное, * отмечены упражнения, результаты которых необходимо привести в отчете)

Упр.1.

Вспомнить, как с помощью команды define JMol задавать множества атомов.

  1. Определите множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1).
  2. Определите множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).
  3. Определите множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).
  4. Создайте скрипт-файл с определениями этих множеств.
  5. Создайте скрипт-файл, вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.

Упр.2.

Описать ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнить количество контактов разной природы.

Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными – атомы углерода, фосфора и серы.

Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.

См. также подсказки..

Определите число контактов и заполните следующую таблицу.

Таблица. Контакты разного типа в комплексе XXXX.pdb

Контакты атомов белка с

Полярные

Неполярные

Всего

остатками 2'-дезоксирибозы

остатками фосфорной кислоты

остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки

остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки

Упр.3.

Упр.4.

На полученной схеме выбрать

  1. аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК;
  2. аминокислотный остаток, по-вашему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК. В отчете привести обоснование выбора, а также 2 картинки, полученные с помощью JMol. Картинки должны иллюстрировать контакты выбранных аминокислотных остатков с ДНК. Под картинками приведите подписи, поясняющие изображение.