2023
2022
2021
2020
2018
2017
2016
2015
Семестр 3. Структуры и последовательности нуклеиновых кислот
Результаты Только для студентов и преподавателей
Записаться в очередь на проверку
По просьбе трудящихся: для записи на проверку 1й очереди практ.10 надо выбрать 10 Для проверки практ10 полностью надо выбрать 10all
Новости
27 декабря 2020
По просьбе Головина, задерживаю отправку ведомости в уч. часть до получения результатов его КР2. Ориентировочно, сегодня в 22:30
Присылка заданий, выполненных в ночь на понедельник приветствуется. Проверим после нового года. Меньше работы останется на февраль.
— ААл
Блок 1: Пространственные структуры нуклеиновых кислот
1. Нуклеиновые кислоты, строение и структура (лекция)
1 сентября 2020, А.В. Головин
[ презентация ]
2. Мини-контрольная. Химическое строение нуклеиновых кислот
8 сентября 2020, А.В. Головин, А.О. Залевский
3. A- и В- формы ДНК. Структура РНК
15 сентября 2020, А.В. Головин.
4. Комплексы ДНК-белок
22 сентября 2020, А.В. Головин, М. Мальков.
5. Итоговая контрольная
29 октября 2020, А.В. Головин
Блок 2: Последовательности нуклеиновых кислот
При выполнении всех ОБЯЗАТЕЛЬНЫХ заданий практикума не забывайте записаться в очередь.
Дата записи в очередь автоматически фиксируется как дата сдачи задания.
За отсутствие хотя бы одного из обязательных заданий после записи в очередь отвечает автор (репутацией и штрафом).
На исправление замеченных при проверке недостатков и на выполнение дополнительных заданий нет строгих ограничений.
Типичный мягкий deadline - день следующего занятия;
жесткий - день следующего после следующего занятия
Точные даты см в ведомости во 2й и 3й строках колонки <Штраф за опоздание>
--- ААл
6. Секвенирование по Сэнгеру
6 октября 2020, С. Исаев, И. Русинов, А.В. Алексеевский
[ Тест писателя ]
[ Тест писателя (закрыт) ] [ комментарии при проверке ]
[ презентация ] [ задания ]
7. Нуклеотидные банки данных
13 октября 2020, И. Русинов, А. Ефремов, А.В. Алексеевский
[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]
8. Нуклеотидный BLAST
20 октября 2020, И. Русинов, ...
[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]
9. BLAST+, EMBOSS
27 октября 2020, И. Русинов, ...
[ презентация ] [ задания ]
10. Выравнивание геномов
3 ноября 2020, А. Алексеевский, И. Русинов
3 ноября 2020 21:16
При запуске npge на kodomo ОБЯЗАТЕЛЬНО задавать параметр WORKERS = 1 Значит, что использовать только один процессор. (по умолчанию используются все процессоры компьютера)
npge - ресурсно затратная программа. Кто-то уже успел завесить сервер kodomo :( Задание убил администратор
Установите NPG-explorer на свой компьютер и запускайте. Эксперименты с превышением лимитов входных данных в задании - только на своем компьютере!
Для ориентировки: недавно НПГ для двух сотен бактериальных геномов считался на институтском сервере неделю
Constructed, ha
[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ] [ задание для выполнения в день лекции ]
4 нояб 2020
Коллеги!
Не все, даже выполнившие задание в день занятия, положили файл genomes.tsv в указанную директорию: ~/term3/block2/credits/npg/
Не в public_html !!!
Проверил все genomes.tsv, лежащие в правильной директории (16 работ)
Проверяю только файлы, лежащие в этой директории, т.к. скачиваю скриптом.
В этой же директории надо будет сохранить НПГ, в том числе, если он был построен на своем компьютере. Это нужно будет мне для проверки. Какие файлы из НПГ нужны для проверки - напишу позже.
--ААл
11. Введение в анализ данных NGS
10 ноября 2020, А.Жарикова
[ презентация ]
[ задание ] (см. Практикум 11)
12. Ресеквенирование. Поиск полиморфизмов у человека.
17 ноября 2020, А.Жарикова
[ презентация ]
[ задание ] (см. Практикум 12)
13. Ресеквенирование. Поиск полиморфизмов у человека. Продолжение
24 ноября 2020, А.Жарикова
[ презентация ]
[ задание ] (см. Практикум 13)
14. Введение в транскриптомный анализ
1 декабря 2020, А.Жарикова
[ презентация ]
[ задание ] (см. Практикум 14)
15. Сборка de novo
8 декабря 2020, С.А.Спирин
[ презентация ] [ задания ]
16. Коллоквиум
15 декабря 2020
[ программа ]