2023
2022
2021
2020
2018
2017
2016
2015
Проекты на большое количество дополнительных баллов
DSSP in Python
Сколько лет прошло, но все так же... алгоритм DSSP всеми используется в виде бинарника. Biopython и prody при разметке вторичной структуры вызывают отдельно установленный DSSP и потом считывают его аутпуты. Это не дело! Даешь DSSP на чистом Python!
Есть референс на C++.. Для получения 10 баллов прошу вас написать питоническую версию и снабдить этот вариант хорошими комментариями и подготовить презентацию с разбором.
За выполнение: 10 баллов
Взято:
Фурье в Google Colab
Переведите задание прака 4 (2021), иллюстрирующее нюансы синтеза Фурье для реконструкции ЭП, в ноутбук на Google Colab. Сделайте удобные ползунки и формы инпута для генерации молекулы, выбора шума, набора гармоник.
За выполнение: 5-10 баллов
Взято:
Интерактивный Рамачандран
Сделайте веб-страничку, на которой можно визуализировать карту Рамачандрана для любого остатка/группы остатков по полному PDB (с и без фильтрации для неизбыточности выборки). Данные также должно быть можно скачать в виде матрицы чисел.
За выполнение: 5-15 баллов
Взято:
Димеризация половин Fv
Инструмент IG-VAE "галлюцинирует" кусочки антител, а именно, минимальный самостоятельно сворачивающийся фрагмент, один бета-сендвичный домен. Антитела со своими антигенами взаимодействуют двумя такими доменами, приходящими из тяжелой и легкой цепи соответственно. Придумайте и реализуйте процедуру "сборки" аутпутов IG-VAE в правдоподобные димеры.
За выполнение: 20 баллов
Взято: Марина Фроленкова
Туториал по PyMol API
Можно реализовать автоматизацию многих задач по анализу структурных данных, пользуясь встроенными в PyMol функциями и при этом не вызывая его графическую оболочку. Для этого существует Pymol API. Напишите понятное и полное описание действий по использованию API для нужд структурного биоинформатика.
За выполнение: 10 баллов
Взято:
Pattern recognition?
Может ли задача расположения водородов и разметки взаимодействий быть формализована как задача unsupervised/self-supervised learning? Напишите “грантовую заявку” на исследование такой возможности. Воспользуйтесь шаблонами любых грантовых заявок на ваш вкус (РНФ, РФФИ, ERC, NIH), чтобы сделать текст структурированным и знать, какие вопросы нужно осветить. Преподаватель не будет пользоваться вашей заявкой, вы вольны впоследствии подать ее от себя самостоятельно.
За выполнение: 1-20 баллов
Взято: Александра Денисова