2024
2023
2022
2021
2020
2018
2017
2016
Семестр 7. Структурная биоинформатика
Информация
Записаться в очередь на проверку
Блок 1. Введение и повторение
Лекция 1. Зачем нам информация о структуре.
4 и 5 октября 2022, А. С. Злобин
[ Презентация ]
—
Лекция 2. Внутримолекулярное и межмолекулярное распознавание
11 октября 2022, А. С. Злобин
[ Презентация ]
Блок 2. Методы получения структур биомолекул
Лекция 3. Рентгеноструктурный анализ, начало
12 октября 2022, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ Презентация ]
—
Семинар 1 по РСА
18 октября 2022, А.С.Злобин, С.А.Спирин
Лекция 4. Рентгеноструктурный анализ, продолжение
19 октября 2022, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ Презентация ]
ДЗ 1. PyMol, знакомство
Мягкий дедлайн 2 ноября 2022, жесткий дедлайн 9 ноября 2022
[ Задание ]
—
Семинар 2 по РСА
25 октября 2022, А.С.Злобин, С.А.Спирин
Лекция 5. Рентгеноструктурный анализ, завершение
26 октября 2022, В. Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ Презентация ]
ДЗ 2
11 ноября 2022 / 18 ноября 2022
[ Задание ]
—
Семинар 3 по РСА
1 ноября 2022
Лекция 6. Валидация моделей
2 ноября 2022, В.Д.Маслова
[ Презентация ]
ДЗ 3
16 ноября 2022 / 23 ноября 2022
[ Задание ]
—
Лекция 7. ЯМР
8 ноября 2022, К.С.Минеев (ИБХ РАН)
[ Введение (САС) ] [ Презентация Минеева ]
Лекция 8. КриоЭМ
9 ноября 2022, В.Маслова
[ Презентация ]
—
Коллоквиум
15 ноября 2022
Коллоквиум
16 ноября 2022
ДЗ 4
29 ноября 2022 / 6 декабря 2022
[ Задание ]
—
Блок 3. Структурная биология и биоинформатика
Лекция 9. AlphaFold
22 ноября 2022
[ Презентация ]
Лекция 10. Дизайн-1
23 ноября 2022
[ Презентация ]
ДЗ 5
6 декабря 2022 / 13 декабря 2022
[ Задание ]
—
Лекция 11. Дизайн-2
29 ноября 2022
Презентация прежняя
Лекция 12. Водороды, разметка
30 ноября 2022
[ Презентация ]
ДЗ 6
15 декабря 2022 / 22 декабря 2022
[ Задание ]
—
Лекция 13. Поверхности, карманы связывания
6 декабря 2022
[ Презентация ]
Лекция 14. Вторичная структура
7 декабря 2022
[ Презентация ]
ДЗ 7 (UPD: Опциональное)
ProteinsPlus не работает. Ищу альтернативу, дедлайн будет сдвинут или отменен. Stay tuned. Часть про докинг можно сделать и без выделения карманов – сделайте ее и ждите апдейта.
15.12 – ожил. ДЛ соответственно двигаем на +1 неделю, если он снова не упадет. Поиски альтернатив продолжаю.
Альтернатива (хорошая) для поиска карманов и вычисления их объема – https://durrantlab.pitt.edu/fpocketweb/
Альтернатива (посредственная) для построения карт взаимодействий – https://www.playmolecule.com/PlexView/
29 декабря 2022 / 5 января 2022
[ Задание ]
—
Лекция 15. Третичная структура, выделение доменов. Пространство укладок
13 декабря 2022
[ Презентация ]
Лекция 16. Подобие структур. Структурные выравнивания
14 декабря 2022
[ Презентация ]
ДЗ 8 [ UPD: Опциональное ]
29 декабря 2022 / 5 января 2023
[ Задание ]
—
Лекция 17. Структура/функция, эволюция
20 декабря 2022
[ Презентация ] [ Motif Search ]
Лекция 18. Подвижность, регуляция и эволюция структур
21 декабря 2022
ДЗ 9 [ опционально ]
3 января 2023 / 10 января 2023
[ Задание ]
—
Свободный микрофон, флуд, чай с печеньками
27 декабря 2022
Свободный микрофон, флуд, чай с печеньками
28 декабря 2022