2023
2022
2021
2020
2018
2017
2016
2015
Практикум 1. Pymol
Туториал к выполнению практикума
PDB файлы для прака лежат здесь
Отчетность по практикуму: документ с текстом, изображениями, подписями к изображениям и ссылкой на сессию Pymol для первого задания. Количество текста не оценивается дополнительно, но он должен быть! Дальше оценивается уже его логичность, связность и читаемость.
Опорный навык структурного биоинформатика - презентовать структурную информацию понятным для читателя образом. См. любую статью, для которой была разрешена структура, методом РСА или другим. Эта работа всегда сопровождается картинкой с определенной иерархией типов отображения структурной информации, рассказывающей историю, доносящей информацию. "Этот белок имеет форму пятиугольника", "для связывания лекарства достаточно 3 водородных связей", "При связывании аллостерического модулятора происходит закрытие активного центра" и т.д.
В этом задании вам дана модель комплекса белок-лиганд.
Ваша задача – на этой модели отработать навыки работы с визуализатором Pymol и подготовить 1 картинку и 1 сессию. На картинке покажите лиганд и окружающие его остатки так, чтобы было понятно, где он располагается и с чем потенциально взаимодействует.
Придумайте цветовую схему, по которой вы будете отмечать разные типы взаимодействий. Создать прерывистую линию можно с помощью инструмента wizard > measure. Обратите внимание на режимы - можно измерять расстояние как между двумя атомами, так и между центрами ароматических колец. Это будет полезно для отображения стэкингов и пи-катионных взаимодействий.
Взаимодействия, которые стоит показать:
- Водородные связи (втч к пи-системам, если есть)
- Солевые мостики
- Стэкинг (втч пи-катионный, если есть)
Добавьте подписи – название фрагмента и номера и названия остатков, взаимодействие с которыми, на ваш взгляд, наиболее важно. Отрендерите изображение с помощью ray. Постарайтесь добиться максимальной информативности, публикабельности и эстетичности изображения. Сохраните сессию на том ракурсе, который был использован для рендеринга изображения.
Зачет: все взаимодействия отмечены и видны на картинке. Не отмечено лишних взаимодействий. Нет ложной или путающей информации (углерод покрашен в цвет азота, например).
Дополнительные баллы
- За картинку, которую не стыдно послать в Nature!
- Изучите, что, собственно, за объект вам дан. Что делает ваш белок, как он это делает? Опишите, используя самостоятельно подготовленные иллюстрации и ссылки на литературу. Ваш лиганд - агонист, антагонист, обратный агонист, ингибитор, ...? Попробуйте найти комплекс того же белка, но с лигандом другой функциональной роли. Опишите различия в их способе связывания. Предположите, как способ связывания может быть связан с функциональной ролью.
Замечания
- Начиная с задания 2 и далее во всех практикумах ваша главная задача, когда вы выкладываете изображение к своему тексту – рассказать историю, а не показать, что вы умеете пользоваться Pymol'ом. Каждый раз думайте, каким лучше образом рассказать ту или иную историю, что показать, а что скрыть, какие инструменты фокусировки внимания читателя использовать. В публикациях хорошо сделанные картинки – половина работы, а то и больше. Да пребудет с вами сила.
- Прежде чем делать у ваших иллюстраций любой цвет фона кроме белого, попробуйте найти такие иллюстрации в хороших журналах. Подумайте, почему не получается, и как связан фон картинки с цветом носителя, и почему это важно для восприятия.
- Если у вас есть затруднения в понимании объекта, где там находится лиганд - не стесняйтесь написать и обсудить с нами, предпочтительно до сабмита первой версии прака.