2024
2023
2022
2021
2020
2018
2017
2016
Электронная плотность
Указания по использованию PyMol для работы с плотностью смотрите ближе к концу туториала для первого прака: Туториал
Задание 1. ЭП: хорошая и плохая расшифровки.
Вам дано два PDB ID (PDB1, PDB2). Они соответствуют двум кристаллографическим расшифровкам одного и того же белка, при этом их качество сильно различается. Откройте структуры в Pymol. Есть ли различия, которые сразу бросаются в глаза?
Ваши структуры могут быть не совсем идентичны в плане состава: могут быть разные ионы, добавки к растворителю, лиганды, возможно даже единичные замены. Эти различия не стоит рассматривать как следствия из разного качества моделей.
Скачайте их карты электронной плотности, изучите их с помощью volume или mesh. Подготовьте 2 изображения. На них отобразите один и тот же регион в двух структурах. Покажите электронную плотность только вокруг остова на одном и том же уровне подрезки (подберите carve так, чтобы ничего не терялось, но и от боковых радикалов плотность по возможности не попадала). Опишите различия. В какой записи плотность лучше согласуется с положениями отдельных атомов? О чем это говорит? Какая структура, по вашему мнению, имеет лучшее разрешение? Почему вы так решили? Зайдите на страницы ваших записей в PDB, возьмите оттуда значения разрешения, приведите их в отчете. Совпали ли ваши выводы с информацией на сайте?
Бессмысленно пытаться ответить на вопрос о согласуемости положений отдельных атомов с плотностью, если вы показываете плотность только для остова (как мы вас просим), а атомы показываете втч для сайдчейна.
Задание 2. ЭП и положение в структуре.
Работайте с PDB3. Постройте серию mesh'ей вокруг остова всего белка (только остова! также не должно быть плотности от соседей белка по ячейке – используйте carve) на уровнях подрезки 1, 2, 3, покажите остов в виде sticks или lines (и ничего больше), подготовьте изображения. Вы заметите, что при переходе 1 -> 2 -> 3 какие-то регионы остова структуры первыми перестают быть покрытыми mesh'ем. Что это за регионы? Где они расположены относительно всей молекулы? Насколько хорошо они взаимодействуют с остальным белком? Есть ли тут тенденция?
Задание 3. ЭП и типы атомов.
Работайте с PDB3. Постройте электронную плотность вокруг лиганда, который присутствует в этой модели, также на уровнях подрезки 1, 2 и 3, подготовьте изображения. Все ли атомы покрыты плотностью на уровне подрезки 1? Что происходит с покрытием при увеличении уровня подрезки? Вокруг каких атомов плотность сохраняется дольше всего, с чем это может быть связано?
В заданиях 2 и 3 вы можете рассмотреть и другие уровни подрезки, помимо обязательных 1, 2, 3, если считаете нужным.