2024
2023
2022
2021
2020
2018
2017
2016
Валидация
Перед началом работы стоит убедиться, что для Вашей структуры есть файлы для визуализации электронной плотности в PDB и модель в PDB Redo. Если чего-то не хватает - обратитесь к преподавателям, выдадим другую.
Целью данного практикума является анализ структуры белка, полученной методом РСА, на пригодность для работы по изучению структурных и функциональных свойств.
Вам дана структура белка, полученная методом рентгеноструктурного анализа. Изучите данные по валидации данной структуры из различных источников.
Задание 1.
Изучите метрики качества модели в целом на странице структуры в PDB. Укажите разрешение, Rvalue, Rfree. Отобразите электронную плотность вокруг структуры и проверьте, есть ли участки структуры, не имеющие поддержки ЭП.
Проверьте, существуют ли альтернативные структуры для данного участка изучаемого белка (кнопка Explore <Uniprot_id> в разделе Macromolecules).
Сделайте вывод о качестве структуры в целом. Можно ли использовать альтернативные структуры для изучения данного белка?
Задание 2.
Найдите маргинальные по различным показателям остатки структуры.
(Специфический инструмент, который можно применять для валидации структур и поиска маргинальных остатков - Molprobity (http://molprobity.manchester.ac.uk/). К сожалению, на настоящий момент он отказывается запускаться на своем сервере. Поэтому мы воспользуемся несколькими отдельными инструментами для воссоздания его функционала. Если на момент выполнения практикума Molprobity оживет - используйте его.)
Оцените качество структуры с помощью инструмента оценки на сайте SwissModel (https://swissmodel.expasy.org/assess). В выдаче рассмотрите карту Рамачандрана и выдачу из урезанной версии Molprobity, используйте их для поиска маргиналов.
Дополнительно используйте сервис проверки наличия некорректно ориентированных аспарагинов/глутаминов (https://flipper.services.came.sbg.ac.at/cgi-bin/flipper.php).
Если в вашей структуре есть металлы, также рассмотрите выдачу из сервиса Checkmymetal (https://cmm.minorlab.org). Обратите внимание на возможность неверного определения иона и предположения об альтернативном ионе (Alt.metal).
На основе выдачи из использованных сервисов и/или данных из полного отчета о валидации (Full report) со страницы структуры на сайте PDB выберете 3-5 маргинальных остатков. Проверьте, соответствуют ли они своей ЭП в структуре? Существуют ли взаимодействия с окружающими аминокислотами, поддерживающие данную конформацию в маргинальном остатке? Относятся ли рассмотренные остатки к функциональным участкам белка (проверьте в Uniprot)? Сделайте вывод, является ли маргинальность рассматриваемых остатков особенностью структуры или неточностью расшифровки РСА.
Задание 3.
Методы расшифровки эволюционируют и качество старых структур можно повысить, применив новые методы оптимизации к старым данным. Найдите обновленную версию своей структуры в базе PDB Redo. Сравните старую и новую конформации выбранных вами маргинальных остатков. Подтверждает ли новая версия структуры Ваш вывод о источнике маргинальности?