Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2020

Подсказки по выполнению заданий практикума 1

Не бойтесь, не стесняйтесь и не ленитесь спрашивать преподавателей (по любым доступным каналам связи) в любой непонятной ситуации, с которой не получилось разобраться самостоятельно.

Смена пароля пользователя

Для смены пароля Вам надо выполнить команду passwd в командной оболочке на сервере kodomo. Если Вы еще не знаете, как подключиться по SSH к kodomo, можете изучить инструкцию. Вам нужно будет ввести собственный логин на kodomo (который Вы в форме указали), а в качестве пароля то, что скажет преподаватель на занятии в пятницу. Если Вы по какой-то причине пропустили занятие – пишите письмо администраторам kodomo.

После успешного входа на kodomo под своим аккаунтом, Вам нужно будет выполнить команду passwd, т.е. набрать это слово в командной строке и нажать <Enter>. Дальше надо следовать инструкциям, которые появятся на экране: ввести текущий временный пароль, потом ввести новый пароль, и повторить новый пароль еще раз, чтобы убедиться, что Вы не опечатались при вводе пароля. Как и в случае ввода пароля при подключении по ssh, не будут отображаться символы, которые Вы набираете. Так и должно быть, введите то, что хотели, и нажмите <Enter>. Требования к новому паролю такие: i) должен быть длиннее 8 символов, ii) должен содержать минимум одну строчную и минимум одну заглавную букву, iii) должен включать минимум одну цифру или пунктуационный знак. Если введенный Вами пароль не будет удовлетворять этим требованиям, то программа passwd выведет сообщение об ошибке и не изменит пароль. Нужно будет повторить её вызов заново.

После успешной смены пароля, Вам надо убедиться, что Вы можете подключиться по SSH с новым паролем. Для этого нужно завершить старую сессию (ввести команду exit), а потом подключиться заново, но уже с новым паролем.

Внимание, смену пароля надо завершить во время занятия. После окончания занятия я поменяю временный пароль всем пользователям, которые не изменили его самостоятельно, на случайный. Поэтому, если по какой-то причине Вы не смогли изменить пароль на занятии, пишите письмо администраторам kodomo с просьбой сообщить новый временный пароль.

Вход в веб-интерфейс почты на kodomo

Вместе с аккаунтом на kodomo каждому студенту заводят почтовый ящик с адресом YOURLOGIN@fbb.msu.ru (например, nemo@fbb.msu.ru). Вы можете использовать эту почту в личных целях. Одно из заданий практикума предполагает, что именно с этой почты Вы напишите преподавателям письмо.

Для работы с почтовым ящиком на сайте kodomo есть веб-интерфейс. Вы можете найти его в правом меню (ссылка Почта/Mail), или по адресу https://kodomo.fbb.msu.ru/mail . Для входа Вам потребуется вновь ввести логин и пароль аккаунта на kodomo. Интерфейс должен быть интуитивно понятным. Если у Вас возникнут с ним какие-то проблемы, или появятся вопросы – пишите письмо преподавателям (с любой почты).

Вход в систему Wiki на kodomo

На kodomo установлена система Wiki, которая позволяет быстро создавать веб-странички, используя упрощенный синтаксис (по сравнению с языком HTML – основным языком разметки веб-страниц). Для того, чтобы иметь возможность создавать и редактировать страницы wiki, а так же просматривать некоторые защищенные страницы (например, со списком e-mail адресов преподавателей), Вам нужно войти в систему wiki. Чтобы войти в систему надо выбрать пункт "Войти/Login" в правом меню на сайте https://kodomo.fbb.msu.ru (это самый нижний пункт). На открывшейся страничке нужно ввести логин и пароль аккаунта на kodomo.

Создание персональной wiki-страницы на kodomo

Каждый пользователь wiki на kodomo может (а в Вашем случае еще и должен) создать персональную "домашнюю" wiki-страницу, которая располагается по адресу https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/YOURLOGIN (вместо YOURLOGIN должно быть ваше пользовательское имя на kodomo). Этот адрес Вы можете набрать в адресной строке браузера самостоятельно, или нажать на свое пользовательское имя в правом меню (оно там появится только после входа в систему wiki). На открывшейся странице будет сообщение, что Ваша страница еще не существует, и предложение её создать (ссылка "Create my home page now!" внизу страницы). Вам нужно перейти по ссылке, после чего Вы окажетесь в wiki-редакторе.

В строке с заголовком после закрывающего строку = не должно быть пробелов или каких-нибудь других символов! 

<<MailTo(nemo AT fbb DOT msu DOT ru)>>

Советую периодически нажимать кнопку "Preview" (не знаю, как она называется в русской версии интерфейса, сами догадаетесь). После этого внизу страницы появляется предпросмотр того, что Вы написали. Если Вас все устраивает, то можете нажимать "Save Changes", если нет, то продолжайте редактирование.

Помните, что ваша wiki-страница будет видна всем и будет находиться в домене msu.ru. Тем самым при заполнении этой страницы вы обязаны соблюдать правила этого домена:

  • – никакого коммерческого контента (в том числе рекламы);
    – никакого политического контента;
    – соблюдение законов РФ (прежде всего это касается авторских прав).

Поиск координат гена коронавируса

Например команда

fuzznuc -pattern ATG '/P/y20/SARS-CoV-2.fasta[1:500]' stdout

выдает на монитор координаты всех слов ATG в интервале от первого нуклеотида до 500го указанной последовательности.

Если вместо stdout указать имя файла, например ATG_coords.txt то будет создан такой файл и выдача команды будет записана в него.

Полезные команды.

less ATG_coords.txt

Выход – клавиша q (от слова quit).

В less много возможностей переходов и поиска. Узнать их можно командой less --help

more /P/y20/SARS-CoV-2.fasta

Перемещаться в more можно только вниз. Клавиши Enter или пробел. Выход из more Ctrl+C.

Это сочетание клавиш прерывает выполнение большинства программ в bash. less – исключение.

На самом деле less – это улучшенная версия more, она умеет делать все тоже самое и еще много всего. Поэтому нет никакого смысла использовать more на системах, на которых доступна less. Вам это команда дана, видимо, для того, чтобы проще было запомнить название команды less :-)

Ни more, ни less не позволяют изменить содержимое файла, так как являются просмотрщиками (их еще называют пейджерами), а не текстовыми редакторами. Это не недостаток, а совсем наоборот: программе не нужно грузить в память весь текст целиком, поэтому с большими файлами эти программы работают значительно быстрее любых текстовых редакторов. Кроме того, отсутствует возможность случайно что-нибудь испортить в файле во время просмотра. Поэтому советую взять less на вооружение, это одна из самых полезных программ в командной строке. В отличие от more :-)

— ИР