2024
2023
2022
2021
2019
2018
2017
2016
Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство
Результаты Только для студентов и преподавателей
При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.
Записаться в очередь на проверку
Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий
Список записавшихся в очередь на проверку
Информация:
7 дек. В формулах для вычисления рейтингов и зачёта практ.12 были ошибки. Спасибо Звездину, который на них указал.
Теперь зачёт ставится при зачёте хотя бы одного задания из темы. Идея формулы рейтинга такая: за тему ставится максимум + логарифм разности между суммой за тему и максимумом. Максимум за самое дорого задание темы приведен к 5, поэтому встречаются оценки > 5.
Также за импорт с датами вместо чисел всем снизил балл до 2. И у опоздавших с заданием в день занятия убрал баллы, оставив балл в колонке AT которая влияет на зачёт. Все запутано, извините. Как оценивать задания в день занятия выдумывал "на лету")) Но рад, что кажется, сумел достойно вывернуться.
- ААл
6 дек. Доступны замечания при проверке оформления ссылок в мини-обзоре. См. рядом с заданиями практ.14 - ААл
4 декабря 2020
Deadline по блоку 3
Упражнения по методам ЭТ (практ12) — жесткий 5 дек
Сопроводительные материалы к мини-обзору, минимальный вариант (прак.13) — мягкий 5 дек., жесткий 12 дек.
Мини-обзор, минимальный вариант (практ.14)--- 12 дек.
Мини-обзор с дополнительными темами — 18 дек.
У всех дат время - час ночи.
— AAl
Выполнив все обязательные задания, следует записаться в очередь на проверку. Время записи в очередь фиксируется автоматически в ведомости. По этому времени автоматически определяется, сданы ли задания вовремя, и вычисляется штраф за опоздание.
Исправления и выполнение дополнительных заданий на время сдачи задания не влияют.
Тем не менее, в случае, если требуется повторная проверка заданий, следует повторно записаться в очередь на проверку, указав что проверять.
В практикуме 1 обязательными являются задания 1-4.
То, что получен зачет по заданиям практикума 1 вовремя, не значит что штрафа за опоздания не будет. Штраф за опоздание выставляется автоматически по алгоритму, описанному выше.
— ААл
Блок 1: Компьютер. Файловая система. bash. Геном как файл.
Таблица стандартного генетического кода
1. Знакомство. Что такое биоинформатика?
4 сентября 2020
А. Алексеевский, С.А. Спирин, А.О. Залевский, И.С. Русинов, А.Злобин и другие
[ презентация ] [ структурная биоинформатика против COVID-19 ] [ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]
2. Внутренности компьютера
11 сентября 2020
А.О. Залевский
[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]
3. Файловая система и командная строка Linux
18 сентября 2020
С.А. Спирин, А.А. Ефремов, А.И. Сигорских, И.С. Русинов
[ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]
4. bash: спецсимволы, перенаправления, grep
25 сентября 2020
С.А. Спирин, И.С. Русинов
[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]
5. Права на файлы, редакторы, сценарии
2 октября 2020
С.А. Спирин, И.С. Русинов
[ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]
Очень хороший курс по Bash - курс от Институт биоинформатики. Местами он сложноват. Зато там есть много чего интересного есть, например основы работы с vim:) (ПДД)
Блок 2: Язык программирования Python
6. Простейшие типы данных и действия с ними
9 октября 2020
С.А. Спирин, Д. Пензар, И.С. Русинов, А. Зинкевич
[лекция_ПДД, ipynb] [лекция_ПДД, html]
[ задания ]
Лекция 6, выложенная на Google Colab
7. Условный оператор, списки, циклы, файлы
Прочесть html-версию конспекта неоходимо ДО семинара. [лекция_ПДД, html]
Если хотите запускать примеры из лекции, то либо установите Anaconda и откройте ipynb-файл с помощью jupyter-notebook
либо воспользуйтесь приведенной ниже ссылкой на Google Colab (РЕКОМЕНДУЮ, это удобно!!! )
Лекция 7, выложенная на Google Colab
[ домашнее задание ]
8. Модули, исключения
Лекция 8, выложенная на Google Colab
Можете скачать лекцию с Colab и позапускать у себя в Anaconda. Для этого заходим на Colab, жмем "Файл" → "Скачать ipynb"
[ домашнее задание ]
9. Интернет, словари, кортежи, функции.
Лекция 9, выложенная на Google Colab
[ маленькое дополнение ] (С.А.С.)
[ домашнее задание ]
10. Функции. Format-strings.
Лекция 10, выложенная на Google Colab
Блок 3: Электронные таблицы (ЭТ)
А.Алексеевский и др.
Для зачёта блока необходимо получить зачёты за две работы
зачёт за мини-обзор генома и протеома данной бактерии или археи
зачёт по умениям работы с ЭТ
[помощь] [правила цитирования]
Задания практикумов включают разные части заданий 1 и 2. Мягкий и жесткий deadline на задания практикумов указываются в ведомости как обычно.
11. Подготовка данных для обзора генома и протеома бактерии. Электронные таблицы
13 ноября 2020
А.Алексеевский, С.А.Спирин
[кому какая бактерия] [ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задания ] [ задания для выполнения в день занятия ]
[ размеры геномов ] файл открыт для заполнения
[ рзультаты проверки задания 2 ] Эта таблица называется genomes_fasta_results в задании пр.13.1
12. Методы электронных таблиц
20 ноября 2020
А.Алексеевский и др.
Проверяющие: АС - Андрей Сигорских ААЕ - Алексей Ефремов аспиранты С вопросами по проверке обращайтесь к проверяющему. e-mail'ы см в списке преподавателей
— ААл
[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задания ] [ задания для выполнения в день занятия ] [ подсказки ]
13. Темы исследований для включения в мини-обзор
27 ноября 2020
А.Алексеевский и др.
Подсказки написал. Лучше поздно, чем никогда)) Apologize for the inconvenience!
Если остаются вопросы, то пишите на почту или в список вопросов. Стараюсь отвечать когда есть время.
— ААл
[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задания ] [ задания для выполнения в день занятия ] [ подсказки ]
[ число генов в геноме по типам ] файл открыт для заполнения
14. Требования к мини-обзору
4 декабря 2020
А.Алексеевский и др.
[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задание ] [ задание для выполнения в день занятия ]
15. Консультация. Подготовка к зачёту
4 декабря 2020
А.Алексеевский, С.А. Спирин и др.
[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ новых заданий нет ]
16. Зачёт
Старые контрольные по bash: варианты.
26 сентября 2020
100500 гистидинов)
Всегда бывает полезно критически оценить свои результаты. Если будете выполнять дополнительное задание в практикуме 4, советую прикинуть, соответствует ли результат вашим представлениям о составе белков. Если возникнет когнитивный диссонанс, перечитайте задание внимательно.
— ИР