Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2020

Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.


Записаться в очередь на проверку

Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий

Список записавшихся в очередь на проверку


Задать вопрос преподавателям

Посмотреть ответы на вопросы


Информация:

7 дек. В формулах для вычисления рейтингов и зачёта практ.12 были ошибки. Спасибо Звездину, который на них указал.

Теперь зачёт ставится при зачёте хотя бы одного задания из темы. Идея формулы рейтинга такая: за тему ставится максимум + логарифм разности между суммой за тему и максимумом. Максимум за самое дорого задание темы приведен к 5, поэтому встречаются оценки > 5.

Также за импорт с датами вместо чисел всем снизил балл до 2. И у опоздавших с заданием в день занятия убрал баллы, оставив балл в колонке AT которая влияет на зачёт. Все запутано, извините. Как оценивать задания в день занятия выдумывал "на лету")) Но рад, что кажется, сумел достойно вывернуться.

- ААл

6 дек.
Доступны замечания при проверке оформления ссылок в мини-обзоре.
См. рядом с заданиями практ.14
- ААл

4 декабря 2020

Deadline по блоку 3

Упражнения по методам ЭТ (практ12) — жесткий 5 дек

Сопроводительные материалы к мини-обзору, минимальный вариант (прак.13) — мягкий 5 дек., жесткий 12 дек.

Мини-обзор, минимальный вариант (практ.14)--- 12 дек.

Мини-обзор с дополнительными темами — 18 дек.

У всех дат время - час ночи.

— AAl

Выполнив все обязательные задания, следует записаться в очередь на проверку. Время записи в очередь фиксируется автоматически в ведомости. По этому времени автоматически определяется, сданы ли задания вовремя, и вычисляется штраф за опоздание.

Исправления и выполнение дополнительных заданий на время сдачи задания не влияют.

Тем не менее, в случае, если требуется повторная проверка заданий, следует повторно записаться в очередь на проверку, указав что проверять.

В практикуме 1 обязательными являются задания 1-4.

То, что получен зачет по заданиям практикума 1 вовремя, не значит что штрафа за опоздания не будет. Штраф за опоздание выставляется автоматически по алгоритму, описанному выше.

— ААл

Блок 1: Компьютер. Файловая система. bash. Геном как файл.

Таблица стандартного генетического кода

Инструкция по ssh

1. Знакомство. Что такое биоинформатика?

4 сентября 2020

А. Алексеевский, С.А. Спирин, А.О. Залевский, И.С. Русинов, А.Злобин и другие

[ презентация ] [ структурная биоинформатика против COVID-19 ] [ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]

2. Внутренности компьютера

11 сентября 2020

А.О. Залевский

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]

3. Файловая система и командная строка Linux

18 сентября 2020

С.А. Спирин, А.А. Ефремов, А.И. Сигорских, И.С. Русинов

[ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]

4. bash: спецсимволы, перенаправления, grep

25 сентября 2020

С.А. Спирин, И.С. Русинов

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]

5. Права на файлы, редакторы, сценарии

2 октября 2020

С.А. Спирин, И.С. Русинов

[ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись ]

Очень хороший курс по Bash - курс от Институт биоинформатики. Местами он сложноват. Зато там есть много чего интересного есть, например основы работы с vim:) (ПДД)

Блок 2: Язык программирования Python

6. Простейшие типы данных и действия с ними

9 октября 2020

С.А. Спирин, Д. Пензар, И.С. Русинов, А. Зинкевич

[лекция_ПДД, ipynb] [лекция_ПДД, html]

[ задания ]

Лекция 6, выложенная на Google Colab

7. Условный оператор, списки, циклы, файлы

Прочесть html-версию конспекта неоходимо ДО семинара. [лекция_ПДД, html]

Если хотите запускать примеры из лекции, то либо установите Anaconda и откройте ipynb-файл с помощью jupyter-notebook

[лекция_ПДД, ipynb]

[лекция_ПДД, файлы к ipynb, скопировать в одну директорию с .ipynb, чтобы иметь возможность запускать примеры с чтением и дозаписью в файл]

либо воспользуйтесь приведенной ниже ссылкой на Google Colab (РЕКОМЕНДУЮ, это удобно!!! )

Лекция 7, выложенная на Google Colab

[ семинарские задания ]

[ домашнее задание ]

8. Модули, исключения

Лекция 8, выложенная на Google Colab

Можете скачать лекцию с Colab и позапускать у себя в Anaconda. Для этого заходим на Colab, жмем "Файл" → "Скачать ipynb"

[ семинарские задания ]

[ домашнее задание ]

9. Интернет, словари, кортежи, функции.

Лекция 9, выложенная на Google Colab

[ маленькое дополнение ] (С.А.С.)

[ семинарские задания ]

[ домашнее задание ]

10. Функции. Format-strings.

Лекция 10, выложенная на Google Colab

[ семинарские задания ]

Блок 3: Электронные таблицы (ЭТ)

А.Алексеевский и др.

Для зачёта блока необходимо получить зачёты за две работы

  1. зачёт за мини-обзор генома и протеома данной бактерии или археи

  2. зачёт по умениям работы с ЭТ

[помощь] [правила цитирования]

Задания практикумов включают разные части заданий 1 и 2. Мягкий и жесткий deadline на задания практикумов указываются в ведомости как обычно.

11. Подготовка данных для обзора генома и протеома бактерии. Электронные таблицы

13 ноября 2020

А.Алексеевский, С.А.Спирин

[кому какая бактерия] [ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задания ] [ задания для выполнения в день занятия ]

[ размеры геномов ] файл открыт для заполнения

[ рзультаты проверки задания 2 ] Эта таблица называется genomes_fasta_results в задании пр.13.1

12. Методы электронных таблиц

20 ноября 2020

А.Алексеевский и др.

Проверяющие: АС - Андрей Сигорских ААЕ - Алексей Ефремов аспиранты С вопросами по проверке обращайтесь к проверяющему. e-mail'ы см в списке преподавателей

— ААл

[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задания ] [ задания для выполнения в день занятия ] [ подсказки ]

13. Темы исследований для включения в мини-обзор

27 ноября 2020

А.Алексеевский и др.

Подсказки написал. Лучше поздно, чем никогда)) Apologize for the inconvenience!

Если остаются вопросы, то пишите на почту или в список вопросов. Стараюсь отвечать когда есть время.

— ААл

[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задания ] [ задания для выполнения в день занятия ] [ подсказки ]

[ число генов в геноме по типам ] файл открыт для заполнения

14. Требования к мини-обзору

4 декабря 2020

А.Алексеевский и др.

[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ задание ] [ задание для выполнения в день занятия ]

[ комментарии при проверке ]

15. Консультация. Подготовка к зачёту

4 декабря 2020

А.Алексеевский, С.А. Спирин и др.

[ презентация, pdf ] [ презентация, pptx ] [ новых заданий нет ]


16. Зачёт

Старые контрольные по bash: варианты.

2020/1 (last edited 2021-10-01 10:15:11 by is_rusinov)