Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2020

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016
• 2015

• ...

практические задания

Темы

1. Сигналы в молекулярной биологии

1. Приведите примеры сигналов разных типов [тип сигнала - что является сигналом на мол. уровне]. В примерах объясните также кому адресован сигнал и какова ожидаемая реакция адресата на сигнал.
2. Сигналы транскрипции
3. Сигналы трансляции
4. Примеры сигналов регуляции экспрессии генов
5. Сигналы у прокариот и эукариот: транскрипции, трансляции, сплайсинга и др.

1'. Мотивы

1. Объясните термин "мотив", к каким типам сигналов он применим. Приведите пример.
2. Объясните разницу между "сильным" сигналом и "эффективным" сигналом.

3. Консенсус и паттерн. Применительно к сигналу в последовательности ДНК или РНК.

2. Позиционная весовая матрица (PWM)

1. Для чего применяется матрица PWM. Объясните алгоритм расчёта PWM [вход, как вычисляется элемент матрицы] и правило её применения к последовательности

2. Псевдоотсчёты (pseudocounts) [что такое? зачем нужны? как задаются?]

3. Информационное содержание выравнивания

1. Что отражает информационное содержание
2. Размер матрицы IC и как вычисляется элемент матрицы.
3. Максимальное и минимальное значение информационного содержания колонки
4. Грубая оценка числа находок мотива, заданного выравниванием, в случайном банке
5. Logo выравнивания

4. Технология поиска сигналов в ДНК или РНК

1. Объясните план работы для поиска промоторов в геноме новой бактерии, не имеющей близких родственников с известным геномом (или решения другой аналогичной задачи)

4'. Алгоритмы обнаружения мотивов в последовательностях

1. Назовите алгоритмы, решающие эту задачу.
2. Алгоритм ME
3. Параметры программы MEME, алгоритм. Роль размера области поиска.
4. Поиск сигналов с помощью PWM. FIMO из пакета MEME-suite.

5. Оценка представленности слова или паттерна

1. Предсказание числа встреч данного слова в геноме "по Бернулли"
2. Причины возможной неточности оценки по Бернулли
3. Идея более точных методов предсказания

БЕЛКИ

6. PSSM и PSI-BLAST

1. Что такое PSSM
2. Алгоритм PSI-BLAST
3. Почему PSI-BLAST иногда позволяет найти достоверные гомологи, которые не находятся обычным BLAST?

7. Технология профилей

1. Чем отличаются входные данные для построения HMM-профиля от входных данных для построения PWM?
2. В чем состоит результат поиска с помощью профиля в БД
3. Как оценивать результат поиска на тестовом множестве с известным ответов (содержит домен или нет)? (*)

8. Pfam

1. Объясните, что такое эволюционный домен белка и что такое его доменная архитектура.
2. Что является единицей хранения в БД Pfam? Перечислите доступные данные.
3. Как найти все записи Uniprot,с определённым доменом Pfam или заданной доменной архитектурой. (*)