Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2021

Мини-обзор является единственным заданием последнего блока 5

Датой представления отчёта для проверки является дата записи в очередь, выбрать практикум 14.

Если проверяющий после этой даты обнаружит отсутствие отчёта или его полную непригодность для проверки - недописанные фразы, таблицы и рисунки без объяснений и т.п., то за это - штраф, и отмена даты. Пожалуйста, не хитрите так. Это не красиво.

С другой стороны, если вы представите для проверки нормальный текст с минимальным достаточным набором результатов, то дата сдачи будет зафиксирована. После исправления ошибок, указанных проверяющим, или дополнения мини-обзора новыми результатами, сообщите об этом в очередь (рекомендуется также написать лично преподавателю, проверяющему вашу работу)

Обещаю, что дополнения буду проверены и оценены.

— ААл

В указаниях написано как сделать мини-обзор и данные и собственные программы, использованные при написании его, доступными для проверки

Мини-обзор должен быть доступен по ссылке с вашей wiki страницы.

Сопроводительные материалы, геном, таблица со списком белков, код собственных программ, электронные таблицы с результатами и др. должны быть доступны по ссылкам или лежать в директории в вашем эккаунте (не знаю, как правильно написать по-русски:( ) на kodomo в директории term1/mini_review. Название директории должно быть буквально таким для автоматического скачивания данных bash скриптом

Составьте мини-обзор генома и протеома выбранной вами бактерии или археи

Данные

Дополнительно

Ссылки на источники обязательны!

Оформление мини-обзора

Разделы мини-обзора

Заголовок (Title) Придумайте сами. Например, "Обзор генома и протеома бактерии ..."

Автор — это Вы.

Резюме (Abstract) Краткое описание работы. Должно быть написано так, чтобы было более или менее понятно, что, для чего и как вы делали, и что получилось. Объём резюме — 50 слов, можно несколько больше, если потребуется, или меньше.

Ключевые слова – ориентировочно слов 6. В научной статье служат для поиска в Pubmed по ключевым словам.

Введение (Introduction) Задача данного раздела — ввести читателя в курс дела и объяснить, для чего была сделана работа. Объяснение типа "Нам задали написать обзор" — не то, что требуется.

В этом разделе стоит написать коротко, что известно про бактерию и/или про её геном, обязательно со ссылками на источники! В конце введения нужно написать одну-две фразы о том, что сделано в вашей работе.

Материалы и методы (Materials and methods) Укажите веб-адрес, откуда скачивались материалы. И какие методы и как использовались для получения результатов

Пишите как-нибудь так: "Для получения таблицы 3 использовался такая функция ЭТ"; "Рисунок 1 построен в Excel. Рисунок 2 получен моей программой <название программы>"

Опишите не очевидные ваши действия. Например, как определяли рибосомальные белки, трансмембранные белки, какие строчки таблицы считали псевдогенами и др.

Всё очень коротко.

Результаты (Results) Понятное описание ваших результатов. Понятное — значит, состоит из грамматически корректных фраз русского языка. Нельзя написать "Геном — 4123500п.н., генов — 3021, РНК — 63" так как это не фраза — нет сказуемого, читатель ничего не поймет:(. Результаты нужно разделить на подразделы. Например, Гистограмма длин белков и др. Результаты лучше всего представлять в виде таблиц и рисунков. Однако в тексте отчета должны быть ссылки на каждую таблицу и каждый рисунок. Например, такие "Как видно на Рис.2, в геноме бактерии чаще всего встречаются белки из 700–800 аминокислотных остатков."

Обсуждение (Discussion) Обсуждение полученных результатов, того, как они вписываются в картину мира. Часто раздел содержит гипотезы и теории автора, которые они предлагают для объяснения результатов.

Вам, конечно, нужно обсудить, какие выводы вы можете сделать из таблиц и гистограмм. Напишите, белки какой длины встречаются чаще всего. Опишите особенности распределения белков по длинам, которые показались вам интересными/удивительными/странными. Ваши суждения об распределении генов по цепям ДНК. Все, что найдёте интересного!

Допустимый вариант — объединить разделы "Результаты" и "Обсуждение" в один: "Результаты и обсуждение". Так иногда поступают в статьях в научных журналах.

Заключение (Conclusion) Краткое заключение. Можете опустить, если что-то похожее есть в конце обсуждения.

Сопроводительные материалы (Supplementary materials) Ссылка на файлы с ЭТ, в которых приведены все расчеты, и на собственные программы. Оформление файла с ЭТ должно быть понятно читателям, код программы должен содержать минимальные комментарии, чтобы читателю было легче понять что и как она делает!

Благодарности (Acknowledgments) Обычно благодарят тех, кто помогал в работе, в подготовке публикации, или спонсировал исследования.

Конфликт интересов Можете опустить :)

Список литературы (References) Список ссылок на статьи, книги, сайты и др., которые были использованы, т.е. упоминались в тексте.

Содержание мини-обзора

Что включить в мини-обзор, полностью решает автор.

Это могут быть любые результаты, которые получит автор, исследуя геном и протеом своей бактерии или археи.

Минимальные требования к содержанию мини-обзора для зачёта найдёте здесь

Список возможных тем исследования найдёте по этой ссылке.

Список тем предлагается только для того, чтобы упростить и ускорить составление мини-обзора, достаточного для зачёта, с учётом вашей загруженности в конце семестра.

Для зачёта мини-обзора достаточно включить в него те результаты, которые вы получили, выполняя задания по bash, электронным таблицам и python

Что оценивается в мини-обзоре

В содержании

  • Оригинальные темы исследований, придуманные автором (!) или взятые из списка

  • Для оценки обзора важнее биологически интересные и значимые результаты, а не методы их получения. Будет ли это программа, сервис в интернете, электронная таблица — не так важно, если использованные методы обеспечивают правильность результата.

В обсуждении

  • интересные интерпретации результатов, собственные гипотезы или знания, или почерпнутые из статей или интернета (Wikipedia например) обязательно со ссылками не источники. Не следует бояться ошибок! Оригинальные мысли, основанные на полученных результатах, приветствуются, даже если они не совпадают с современными научными знаниями.

Материалы и методы

Материалы и методы описывают максимально кратко, но так, чтобы читатель (в данном случае проверяющий) мог сам воспроизвести ваш результат описанными вами методами (вряд ли он станет это делать при проверке, но оценит возможность этого).

В тексте мини-обзора

  • Простой и понятный язык. Понятность важнее наукообразности текста.
  • Следование общепринятому стилю оформления текста: разделы мини-обзора, корректное цитирование источников, оформление рисунков (подпись ниже рисунка), таблиц (название над таблицей), обязательность упоминания каждого рисунка и каждой таблицы в тексте, оформление ссылок на источники.

Правильный стиль: читатель не должен догадываться, какие мысли вы хотите донести до него с помощью рисунка или таблицы.

Дело автора — прямо написать то, что он имеет в виду.

Зачёта и интересных результатов!

— ААл

Из старой презентации для МФК Биоинформатика: [ Намеки на темы для включения в мини-обзор ]

— ААл

2021/1/mini_review-task (последним исправлял пользователь aba 2021-12-17 08:57:04)