Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2021

Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство

Результаты Только для студентов и преподавателей

При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.

Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий

Список записавшихся в очередь на проверку

Задать вопрос преподавателям

Посмотреть ответы на вопросы

Информация:

11 марта 2022

Информация для сдававших 10 марта 2022 зачёт за 1й семестр.

Учебная часть разрешила вернуть заполненную ведомость зачёта в понедельник 14 марта.

Если не получившие зачёт 10 марта исправят ошибки или ликвидируют недоделки по практикумам, ДОГОВОРЯТСЯ с проверяющим соответствующие блоки, и пришлют результаты в договорённый с проверяющим срок, то имеют шанс получить зачёт в понедельник.

Успехов!

— ААл

7 нояб. 2021

Составил список тем, из которых можно выбрать темы для мини-обзора.

См. по ссылкам в разделе мини-обзор.

Также там сформулированы минимальные требования к мини-обзору.

Указания напишу позже - пока не успел закончить их.

Успехов!

— ААл

31 октября 2021

Наведите порядок в своих домашних папках! Теперь при проверке практикумов буду проверять содержимое домашней папки студента. Она не должна быть похожа на мусорку.

В частности:

не должно быть явно мусорных файлов и папок, которые появились в процессе экспериментов или ошибок в командах. Особенно это касается самой домашней папки.
в папках ~/term1/credits и ~/term1/genome должны располагаться только те файлы, которые требуются в практикумах и контрольных.

Но будьте осторожны, не удалите случайно файлы, необходимые для зачета!

— ИР

17 октября 2021

Написал задание по написанию мини-обзора (внизу страницы) и начал писать указания. Продолжу позже.

Если есть вопросы, или что-то непонятно - спрашивайте любым способом.

— ААл

15 сентября 2021

В реализации в Google таблице "Bacteria and Archaea for selection" алгоритма выбора генома, на который претендуют несколько студентов, мной была допущена ошибка. Я её исправил сегодня. В результате исправления поменялся выбор генома у пяти студентов: Косимова, Фомичевой, Иващенко, Каменевой, Дашкевич. См. в таблице в чём состоят изменения.

Приношу извинения за доставленные неудобства.

Благодарю Сергея Александровича, указавшего мне на ошибку. Ошибки надо исправлять!

Описание алгоритма выбора и его реализации в электронной таблице Google см. в подсказках к практикуму 2.

Со всеми вопросами по поводу таблицы "Bacteria and Archaea for selection" обращайтесь ко мне.

— ААл

Блок 1: Знакомство, настройка учётных записей, первые шаги

Таблица стандартного генетического кода

Инструкция по ssh

1. Знакомство. Что такое биоинформатика?

3 сентября 2021

С. Исаев

(а также Л.К. Смиренина, И.С. Русинов, А.А. Жарикова, А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, Д.Д. Пензар и др. преподаватели)

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

2. Геном бактерии как файл. Удалённый доступ к серверу kodomo по ssh. Использование командной строки в linux (bash, первые шаги)

10 сентября 2021

С.А. Спирин, И.С. Русинов, А.В. Алексеевский

[ задания ] [ подсказки ] [ "Bacteria and Archaea for selection" ] [ форма сообщения о выбранном геноме ]

Блок 2: Элементы работы с интерпретатором командной строки bash

3. Bash. Работа с файлами

17 сентября 2021

И. Русинов, С.А. Спирин, А.В. Алексеевский

[ задания ] [ комментарии ]

4. SFTP, спец. символы bash, текстовые файлы

24 сентября 2021

С.А. Спирин, И. Русинов, А.В. Алексеевский

[ упражнения и задания ]

5. Потоки ввода/вывода, метаданные, работа с текстом

1 октября 2021

И. Русинов, С.А. Спирин, А.В. Алексеевский

[ упражнения и задания ] [ видеозапись ] [ консультация ]

6. Исполняемые файлы. Контрольная

8 октября 2021

И. Русинов, С.А. Спирин, А.В. Алексеевский

[ упражнения и задания ] [ темы контрольной ] [ видеозапись ]

Блок 3: Электронные таблицы

Список команд Excel - они же команды GoogleSheet - и соответствие между английским написанием команд и русским найдёте здесь

7. Принципы устройства, импорт данных, базовые методы

15 октября 2021

С.А. Спирин, А.В. Алексеевский, И. Русинов

[ задания (ЭТ) ] [ задания (мини-обзор) ] [ презентация про мини-обзор ] [ дополнительное задание ]

8. Гистограммы, диаграммы, вертикальный просмотр

22 октября 2021

С.А. Спирин, А.В. Алексеевский, И. Русинов

[ задания ]

Блок 4: Программирование на Python

9. Базовый Python

29 октября 2021

Д. Д. Пензар, А. О. Зинкевич

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 15 ноября 23:59