2024
2023
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Обязательные задания
Порядок для большинства заданий всех четырёх семестров практической информатики и биоинформатики такой.
Для выполнения ОБЯЗАТЕЛЬНЫХ заданий есть крайний срок (он же deadline). Даже их два.
Мягкий deadline — обычно утро следующего занятия (то есть неделя).
Жесткий deadline обычно две недели. Задания, выполненные после мягкого, но до жесткого deadline'а, засчитываются как выполненные, но штрафуются в рейтинге за опоздание.
Точные дату и время deadline'ов преподаватель указывает в ведомости в колонке "Штраф за опоздание" соответствующего практикума во второй и третьей строках.
Студент, не выполнивший обязательные задания до жесткого deadline без уважительной причины, становится должником и рискует тем, что преподаватель отложит проверку до зачётной сессии.
Выполнив все обязательные задания, ЗАПИШИТЕСЬ В ОЧЕРЕДЬ НА ПРОВЕРКУ, так как время записи в очередь считается временем выполнения всех обязательных заданий.
1. Активируйте свою учетную запись на сервере kodomo
Задание выполняется на занятии.
Инструкции по смене пароля содержатся в подсказках.
2. Выберите бактерию или архею с известным геномом для анализа и составления мини-отчёта в конце семестра
Выбираете здесь (вкладка Genomes), заносите информацию о своём выборе сюда. В течение недели (до следующего занятия) у вас есть возможность поменять свой выбор, "вашей" бактерией будет считаться последняя выбранная. Выбирать надо такую бактерию, перед которой (в столбце Selected) не отмечено, что кто-то её уже выбрал.
3. Создайте файлы с информацией о геноме
- Зайдите на kodomo по протоколу ssh.
- Заведите в домашней директории поддиректорию term1 (если вы не сделали это на занятии), а в ней — поддиректорию genome.
- Перейдите в эту директорию genome и скачайте в неё два файла: геном своей бактерии или археи в формате fasta (файл с именем, заканчивающимся на "genomic.fna.gz"; если таких файлов несколько, то тот, в чьём названии нет слов "from", "cds" или чего-то похожего) и таблицу особенностей (файл с именем, заканчивающимся на "feature_table.txt.gz").
- Распакуйте оба файла командой gunzip.
См. указания.
4. Создайте персональную страницу на kodomo/wiki
Описание этого процесса доступно в подсказках.
В итоге у Вас должна получиться страница с адресом: https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/login (здесь login – ваше пользовательское имя).
Напишите на странице несколько (одну или более) фраз. Например, представьтесь. Желательно написать немного о себе: где учились, чем интересуетесь и т.д.
Эта страница доступна для чтения всем. Имейте это в виду.
Дополнительное задание для желающих
На своей странице, под отдельным заголовком (как сделать заголовок, выясните в HelpOnEditing), напишите, что вам понравилось или не понравилось во вступительной лекции, и главное, какие слова были непонятны. Может быть, какие-то места были непонятны во время лекции, но стали понятны потом, напишите про это тоже.