Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2022

Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.

8 марта 2023
Информация о рейтинге за 1й семестр.

Рейтинги за мини-обзор увеличил, 
умножением взвешенной суммы баллов за задания на 2.

Обоснование: медиана баллов за мини-обзор была 8.6, что вдвое меньше медиан за другие блоки. Что рассматриваю как свой недосмотр при составлении формулы в Google Sheet для суммирования баллов.
                                     
                                    ААл


Записаться в очередь на проверку

Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий

Список записавшихся в очередь на проверку


Задать вопрос преподавателям

Посмотреть ответы на вопросы


Блок 1: Знакомство, настройка учётных записей, первые шаги

1. Знакомство. Что такое биоинформатика?

2 сентября 2022

А.С. Злобин

(а также Л.К. Смиренина, И.С. Русинов, А.А. Жарикова, А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, Д.Д. Пензар и др. преподаватели)

2. Геном бактерии как файл. Подключение к серверу kodomo.

9 сентября 2022

С.А. Спирин, И.С. Русинов, А.В. Алексеевский

[ задания ] [ подсказки ] [ "Bacteria and Archaea for selection" ] [ форма сообщения о выбранном геноме ]

Блок 2: Элементы работы с интерпретатором командной строки bash

3. Bash. Работа с файлами

16 сентября 2022

И. Русинов, С.А. Спирин, А.В. Алексеевский

[ задания ] [ подсказки ]

4. SFTP, спец. символы bash, текстовые файлы

23 сентября 2022

И. Русинов, С.А. Спирин, А.В. Алексеевский

[ задания ]

5. Потоки ввода/вывода, метаданные, работа с текстом

30 сентября 2022

И. Русинов, С.А. Спирин

[ задания ] [ видеозапись с прошлого года ]

6. Исполняемые файлы. Контрольная

7 октября 2022

И. Русинов, С.А. Спирин

[ задания ] [ темы контрольной ] [ видеозапись с прошлого года ]

Блок 3: Электронные таблицы

7. Принципы устройства, импорт данных, базовые методы

14 октября 2022

С.А. Спирин, И. Русинов

[ задания ]

8. Гистограммы, диаграммы, вертикальный просмотр

21 октября 2022

С.А. Спирин, И. Русинов

[ задания ]

[ введение к мини-обзору (к 1 ноября)]

Блок 4: Программирование на Python

9. Базовый Python

28 октября 2022

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 11 ноября 23:59

10. f-строки. Условные конструкции и цикл for.

11 ноября 2022

Даниил Хлебников, Дмитрий Босов

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 18 ноября 23:59

11. Цикл while. Списки.

18 ноября 2022

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 25 ноября 23:59

12. Словари. Множества.

25 ноября 2022

Даниил Хлебников, Дмитрий Босов

[ Лекция в Colab ]

[ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 2 декабря 23:59

13. Коротко о мини-обзоре. Основы работы с файлами. Формат Fasta. Bed-формат. Модули в Python: os, sys, glob.

2 декабря 2022

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников

[ Лекция в Colab ]

[ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн ejudge: 14 декабря 23:59

[ задание с выкладкой результатов на страничке ]

Дедлайн задания с выкладкой: 20 декабря 23:59

14. Функции. Модули в Python: random, collections.

9 декабря 2022

Даниил Хлебников, Дмитрий Босов

[ Лекция в Colab ]

Блок 5: Мини-обзор генома и протеома бактерии или археи

Составляется в течение семестра на основе выполненных заданий блоков 2–4 и собственных инициативных результатов, по вашему выбору.

Для тех, кто только приступает к составлению мини-обзора.

По ссылке Указания добавил информацию о том, что включать в каждую из секции текста.

По опыту проверок с этим было много ошибок.        ААл

[ задания ] [ темы ]

[ указания ]

[ google таблица для вопросов и предложения тем исследования ]

[ 15min talk 2dec2022 ]

2022/1 (последним исправлял пользователь aba 2023-03-08 17:05:03)