2024
2023
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 3
В рамках этого практикума Вам потребуется подготовить иллюстрации к прошлому заданию. Работайте со структурами, рассматриваемыми в прошлом задании. Список pdb_id: тут
Инструкция по установке Pymol приведена в презентации. Не стесняйтесь обращаться за помощью, если что-то не получается.
На каждый блок вопросов должно получиться хотя бы по одной картинке. При подготовке иллюстраций используйте опции рендера ray/draw. Скриншот окна Pymol недопустим.
Структура в целом
- Покажите общий вид структуры в вашей записи PDB. Рационально будет продемонстрировать общий вид хода остова полимерных цепей, используйте cartoon.
- Сколько белковых цепей присутствует в структуре? Если их несколько, отобразите их разными цветами.
- Сколько цепей и каких входит в одну биологическую единицу? Если биологическая единица отличается от асимметрической - покажите это.
Вторичная структура
- Покрасьте белок по типу вторичной структуры. Какой тип больше представлен - тяжи или спирали?
Малые молекулы
- Какие малые молекулы присутствуют в записи? Для хотя бы одного типа малых молекул (но не воды) подготовьте изображение белкового окружения. Покажите аминокислотные остатки белка на расстоянии до 5 ангстрем от молекулы лиганда. Подпишите номера и названия этих аминокислот, а также наименование лиганда на картинке.