Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2022

Семестр 2. Структуры и последовательности белков

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

Записаться в очередь на проверку

Состояние очереди

Блок 1. HTML, CSS, основы веб-дизайна

1. Введение в HTML, основы CSS

8 февраля, В. Маслова

[ презентация ] [ текст "практикума" ] [ задания ]

2. CSS, Bootstrap

15 февраля, В. Маслова

[ презентация ] [ задания ]

Блок 2. Пространственные структуры белков

3. PDB

21 февраля, В. Маслова

[ презентация ] [ задания ]

4. PyMOL

28 февраля, В. Маслова

[ презентация ] [ задания ]

5. Взаимодействия

7 марта, В. Маслова

[ презентация ] [ задания ]

6. Функции биомакромолекул

14 марта, В. Маслова

[ презентация ]

Блок 3. Банки белковых последовательностей

7. UniProt

21 марта, И. Русинов, В. Панова

[ презентация ] [ задания ] [ UniProtKB flat file manual ]

8. UniProt Proteomes, EMBOSS, bash

28 марта, И. Русинов, В. Панова

[ презентация (Proteomes) ] [ презентация (EMBOSS) ] [ задания ] [ подсказки ]

Блок 4. Выравнивание последовательностей

9. Выравнивание как отражение эволюции. Программы парного выравнивания. Jalview

4 апреля, С.А.Спирин

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

10. Программа BLAST

11 апреля, С.А.Спирин

[ презентация ] [ презентация в pdf ] [ задания ] [ подсказки ]

11. Гомология и множественное выравнивание

18 апреля, А.В. Алексеевский

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

[ словарь ] для сдачи коллоквиума

12. Множественное выравнивание последовательностей белков

25 апреля, А.В. Алексеевский

[ web service alignments восстановлен авторами JalView ]

Используйте его.

Программа сравнения двух выравниваний тех же последовательностей, построенных разными программами, создана Лизой Плешко. Она доступна на её странице. Работу проверил, она удобна для использования. Для сравнения выравниваний "по блокам" нужна постобработка выходных данных. В примере Лизы легко обнаружил, что На N-конце выравнивания не совпадают. Короткие линкеры между пятью блоками выравниваются по разному.

Используйте программу Лизы!

Артем Тюкаев, Яков Коробицын, Матвей Киселев и Георгий Малахов тоже сделали программу. Проверить мне не удалось, но по выдаче на стр. Матвея - работает корректно, но выходные данные - в неудобном формате. Исправляют, надеюсь)))

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

13. Самостоятельная работа в классе

2 мая

14. Коллоквиум

16 мая [ Вопросы по блокам 3 и 4 ]

2022/2 (последним исправлял пользователь aba 2023-05-15 15:57:06)