.

5. Постройте карту локального сходства (Dot Plot) двух выбранных представителей белков с доменом семейства, но с разной доменной архитектурой

Представление результатов

• Тривиальная часть - описание одного семейства доменов по информации из Pfam и Uniprot
• Нетривиальная (самому или самой надо думать и принимать решения) - одно выравнивание двух подгрупп доменов одного семейства; обоснование правильности выделения подгрупп указанием различий между выравниванием одной погруппы и другой подгруппах; различий подгрупп от всех остальных доменов семейства.

Методы:

• Сервисы базы данных Pfam
• Редактор выравниваний Jalview
• Blast выравнивание 2х последовательностей, в формате Dot Plot
• Uniprot поиск и скачивание результата в табличном формате

Придумайте эволюционный сценарий наблюдаемого: что произошло в эволюции от последнего общего предка. Воображение поможет, наукообразие не обязательно, всё равно никто не знает правильного ответа:)

4. В выравнивании доменов семейства выделите на основании сходства две подгруппы доменов Pfam

В ответе - выравнивание, содержащее обе подгруппы и обоснование различий подгрупп и отличий от всех остальных доменов семейства.

5. Сохраните таблицу со всеми белками из Uniprot с доменом семейства Pfam

В таблице сохраните колонки:

• ID
• AC
• Название белка
• Принадлежит ли Swissprot или Trembl
• длина последовательности
• организм
• protein existence
• состав доменов Pfam в белке
• таксономия высшего уровня, на котором есть различия

Задания 2019 года

2.Анализ выравнивания из Pfam

1. Выберите небольшую (не более нескольких десятков) выборку последовательностей белков с доменом, пользуясь Sunburst. Выделите веточку с подходящим числом последовательностей; следите, чтобы число видов было больше 10. Запишите какой таксон и сколько последовательностей
2. Скачайте выравнивание или (лучше) последовательности в фаста формате.
3. Откройте в Jalview и выровняйте если нужно
4. Проведите ревизию выравнивания. Удалите фрагменты и последовательности подозрительно сильно отличающиеся от остальных. Задача ревизии оставить выравнивание, в котором есть хорошие вертикальные блоки, но чтобы последовательности не были почти идентичными. См. след. пункты задания. Должно остаться от 7 до 20 последовательностей.
5. Сохраните Jalview проект с исходным выравниванием и выравниванием после ревизии.
6. Сохраните получившееся выравнивание в формате msf (Genedoc любит) или фаста.
7. Открыть выравнивание в Genedoc

8. Найдите консервативный вертикальный блок (объяснение про блоки см. в презентации)

9. Найдите консервативный блок, включающий не все последовательности
10. Найдите вертикальный блок (прямоугольник) в выравнивании. В котором нет оснований предполагать гомологичность фрагментов: в идеале никакие два не похожи настолько, что можно предполагать гомологичность.
11. (*) Найдите и исправьте одну ошибку в выравнивании

3. Найти все белки с данным доменом Pfam

• а. В Uniprot по запросу получите таблицу всех белков содержащих домен.
• укажите число находок и число находок в Swissprot (reviewed)
• Добавьте к таблице колонки cross-reference(Pfam) и cross-reference(PROSITE); и тот уровень таксона, который использовали в задании 1.
• Сохраните таблицу в формате Excel
• Выберите одну доменную архитектуру и посчитайте число белков с такой доменной архитектурой.
• Посчитайте число белков по таксонам выбранного уровня.
• Сравните с данными Pfam
• Определите какой домен PROSITE соответствует выбранному домену Pfam.

Напишите что-нибудь про задание и выводы.

Дополнительное задание

4.(*) Проверить выравнивание по совмещению структур

1. Выберите 3-5 белка с доменом, у которых известна 3D структура. Запомните PDB код и цепочку для них.
2. Постройте выравнивания последовательностей.
3. Постройте совмещение структур. Посмотрите на совмещенные структуры - хорошее ли совмещение полипептидных цепей.
4. Сохраните выравнивание, построенное сервером по совмещению полипептидных цепей.
5. Сравните выравнивания и напишите вывод.

Дополнительные

1. (*) Коротко опишите эксперимент Ленского (wiki)
2. (*) Коротко опишите эксперимент А.С.Кондрашева (труднее. Статья 2020 года, искать в Pubmed. Первый автор Безменова А.В.; В статье см. Материалы и методы)