2023
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
Задания
1.(*) Реализуйте алгоритм сравнения разных выравниваний одних и тех же последовательностей, описанный в презентации
Если студент или маленькая команда (2-4 человека) быстро напишут программу и инструкцию по её использованию. И передадут её всем студентам, то авторы получают зачёт темы.
Требования.
- программа запускается из командной строки
- с опцией -h выдаётся информация о том как запустить программу и требования ко входным данным
- выходной файл содержит список (i, j) одинаково выровненных позиций (см. презентацию)
- работа программы проверена как минимум на одном примере
- доступна краткая инструкция, в которой оговорены все условия на входные файлы, способ запуска, формат выходного файла
не обязательно для зачёта выдаёт (в stdout, например) аналитическую информацию о сравнении (% выровненных колонок от длины каждого из выравниваниий, координаты блоков - идущих подряд одинаково выровненных колонок и др.)
2. Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей разными программами
ручным методом в Jalview (можно использовать сервис [ VerAlign ]. Минимально, следует найти несколько участков совпадения выравниваний и участков несовпадения для двух пар выравниваний.
- с помощью программы для сравнения выравниваний. В этом случае Можно сравнить статистические результаты сравнения для двух или нескольких пар и написать обоснованные выводы.
3. Постройте выравнивание по совмещению структур и сравните его с выравниванием MSA