Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Подсказки по выполнению заданий практикума 2

Смена пароля пользователя

Для смены пароля надо выполнить команду passwd в командной оболочке на сервере kodomo. Если вы ещё не знаете, как подключиться по ssh к kodomo, изучите инструкцию. При подключении вам нужно будет ввести собственный логин на kodomo (тот, который вы указали в форме), при первом подключении в качестве пароля введите то, что скажет преподаватель на занятии в пятницу. Если вы по какой-то причине пропустили занятие – пишите письмо администраторам kodomo.

После успешного входа на kodomo под своим аккаунтом нужно будет выполнить команду passwd, т.е. набрать это слово в командной строке и нажать <Enter>. Дальше надо следовать инструкциям, которые появятся на экране: ввести текущий временный пароль, потом ввести новый пароль, и повторить новый пароль ещё раз, чтобы убедиться, что вы не опечатались при вводе пароля. Как и в случае ввода пароля при подключении по ssh, символы, которые вы набираете, не будут отображаться. Так и должно быть, введите "вслепую" то, что хотели, и нажмите <Enter>.

Требования к новому паролю

1. пароль набирается в латинской раскладке клавиатуры (без русских букв);
2. пароль должен быть длиннее 8 символов;
3. пароль должен содержать минимум одну строчную и минимум одну заглавную букву;
4. пароль должен включать минимум одну цифру или пунктуационный знак (точку, дефис, апостроф и т. п.).

Если введенный вами пароль не будет удовлетворять этим требованиям, то программа passwd выведет сообщение об ошибке и не изменит пароль. Нужно будет повторить её вызов заново.

После успешной смены пароля необходимо убедиться, что вы можете подключиться по ssh с новым паролем. Для этого нужно завершить старую сессию (ввести команду exit), а потом подключиться заново, но уже с новым паролем.

Указания к заданию 3

Полезные команды

• ls (команда — сокращение от слова "list") выдает список файлов в текущей директории

• ls <имя директории>, например, ls /P, показывает список файлов в указанной директории

• ls --help подсказка по команде

• просмотр содержимого текстового файла less имя_файла. Выход из режима просмотра — клавиша q (от слова quit).

В less много возможностей переходов и поиска. Узнать их можно командой less --help

Программа less не позволяет изменить содержимое файла, так как является просмотрщиком (их еще называют пейджерами), а не текстовым редактором. Это не недостаток, а совсем наоборот: программе не нужно грузить в память весь текст целиком, поэтому с большими файлами less работает значительно быстрее любых текстовых редакторов. Кроме того, отсутствует возможность случайно что-нибудь испортить в файле во время просмотра. Поэтому советую взять less на вооружение, это одна из самых полезных программ в командной строке.

Как создать новую директорию и сделать её активной

Создание поддиректории: mkdir имя, переход в поддиректорию cd имя.

В данном задании вам необходимо, соединившись с kodomo, выполнить такую последовательность команд:

mkdir term1
cd term1
mkdir genome
cd genome

(создаёте директорию "term1", переходите в неё, создаёте в ней поддиректорию "genome", переходите в неё). Дальнейшие действия производите, не выходя из директории genome.

На всякий случай (в этом задании не понадобится, но уже на следующем нужно будет знать): чтобы перейти из поддиректории в "родительскую" директорию, выполните cd .. (после пробела две точки подряд).

Как скачать в свою активную директорию файл из интернета

Файл из интернета скачивается командой wget, например команда:

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/001/718/655/GCF_001718655.1_ASM171865v1/assembly_status.txt

создаст в текущей директории файл assembly_status.txt, скачанный с указанного интернет-адреса.

Длинные адреса трудно набирать руками. Можно сделать так:

• Зайти на страничку с геномом (ту, чей адрес указан в таблице геномов)

• Скопировать в буфер своего компьютера адрес нужного файла (ткните в имя файла правой кнопкой мыши и выберите в меню "Копировать адрес ссылки" или что-то аналогичное). Внимание: для некоторых организмов файлов "genomic.fna.gz" несколько. Вам нужен файл с геномом, чьё имя кончается на "_genomic.fna.gz" без слова "from" перед этим. Если есть сомнения, какой файл выбрать, спрашивайте.

• В командной строке kodomo набрать wget и затем пробел (после пробела нужно будет вставить адрес, поэтому не нажимайте пока <Enter>!)

• Выложить содержимое буфера в командную строку. Это делается так:

  • В окне cmd Windows: ткнуть мышкой в иконку с буквой "C" в левом верхнем углу окна и в открывшемся меню выбрать Изменить → Вставить (Edit → Paste)

  • В окне консоли Mac: клавиши <cmd>+v

  • В окне терминала Linux: клавиши <Shift>+<Insert>

• Нажать <Enter>, чтобы выполнить получившуюся команду. Возможно, придётся некоторое время подождать, пока файл скачивается.

После завершения скачивания обязательно выполните команду ls, чтобы убедиться, что файл появился. Если он не появился, внимательно прочитайте, что вам сообщила машина после выполнения wget. Возможно, вы сами догадаетесь, что было не так. Если нет, пишите.

Как распаковать запакованный (gz) файл

Запакованный gzip-файл (его имя в норме кончается на ".gz") распаковывается командой gunzip. Например, если файл называется "something.txt.gz", то можно выполнить команду:

gunzip something.txt.gz

в результате (если формат файла "something.txt.gz" был правильный), запакованный файл "something.txt.gz" исчезнет, а вместо него возникнет распакованный файл "something.txt"

В вашем случае имена файлов очень длинные, их тяжело набирать руками, но можно воспользоваться тем, что у вас в директории genomes должен быть ОДИН файл с именем, кончающимся на "fna.gz" и один с именем, кончающимся на "txt.gz". В такой ситуации команды

gunzip *fna.gz
gunzip *txt.gz

сделают то, что вам нужно (увидев звёздочку, машина сама заменит её на недостающие буквы).

(Есть другой способ облегчить жизнь в подобной ситуации — использовать клавишу Tab. Про это будет на ближайших занятиях, но можете и попробовать самостоятельно разобраться).

После того, как файл распакован, имеет смысл бегло просмотреть его содержимое программой less, например:

less *.fna

(внутри программы less передвижение по файлу стрелками вверх и вниз, выход — клавиша q).

Команда exit

Закончив работу на kodomo, выполните команду exit (потом расскажем, почему нужно делать так, а не просто закрывать окно мышкой).

Вход в веб-интерфейс почты на kodomo

Вместе с аккаунтом на kodomo каждому студенту заводят почтовый ящик с адресом YOURLOGIN@fbb.msu.ru (например, nemo@fbb.msu.ru). Вы можете использовать эту почту в личных целях.

Для работы с почтовым ящиком на сайте kodomo есть веб-интерфейс. Вы можете найти его в правом меню (ссылка Почта/Mail), или по адресу https://kodomo.fbb.msu.ru/mail . Для входа Вам потребуется вновь ввести логин и пароль аккаунта на kodomo. Интерфейс должен быть интуитивно понятным. Если у Вас возникнут с ним какие-то проблемы, или появятся вопросы — пишите письмо преподавателям (с любой почты, только подписывайтесь, чтобы мы знали, от кого письмо).

Вход в систему Wiki на kodomo

На kodomo установлена система Wiki, которая позволяет быстро создавать веб-странички, используя упрощённый синтаксис (более простой по сравнению с языком HTML — основным языком разметки веб-страниц). Для того, чтобы иметь возможность создавать и редактировать страницы wiki, а также просматривать некоторые защищенные страницы (например, со списком e-mail адресов преподавателей), вам нужно войти в систему wiki. Чтобы войти в систему, надо выбрать пункт "Войти/Login" в правом меню на сайте https://kodomo.fbb.msu.ru (это самый нижний пункт). На открывшейся страничке нужно ввести логин и пароль аккаунта на kodomo.

Создание персональной wiki-страницы на kodomo

Каждый пользователь wiki на kodomo может (а в Вашем случае еще и должен) создать персональную "домашнюю" wiki-страницу, которая располагается по адресу https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/YOURLOGIN (вместо YOURLOGIN должно быть ваше пользовательское имя на kodomo). Этот адрес Вы можете набрать в адресной строке браузера самостоятельно, или нажать на свое пользовательское имя в правом меню (оно там появится только после входа в систему wiki). На открывшейся странице будет сообщение, что Ваша страница еще не существует, и предложение её создать (ссылка "Create my home page now!" внизу страницы). Вам нужно перейти по ссылке, после чего Вы окажетесь в wiki-редакторе.

• Не удаляйте строчки, помеченные # в начале страницы. Строки, начинающиеся на ##, можете удалять, это комментарии.

• Творите!

• О дополнительных инструментах для творчества вы можете прочитать по ссылкам HelpOnEditing и другим, расположенным в нижней части страницы-редактора.

• Озаглавьте страницу. Конструкция @ME@ автоматически превратится в ваш логин при сохранении страницы (но не при предварительном просмотре!). Но Вы можете озаглавить страницу любым другим образом. Для этого в начале строки, которую вы хотите сделать заголовком, надо поставить знак =, после него пробел, а в конце этой строки — пробел и снова знак =.

В строке с заголовком после закрывающего строку символа = не должно быть пробелов или каких-нибудь других символов!

• Можно оставить свой e-mail в формате защиты от спама, краткое объяснение, как это работает, вставил в шаблон в виде комментария. Пример:

<<MailTo(nemo AT fbb DOT msu DOT ru)>>

Советую периодически нажимать кнопку "Preview" (не знаю, как она называется в русской версии интерфейса, сами догадаетесь). После этого внизу страницы появляется предпросмотр того, что вы написали. Если вас всё устраивает, то можете нажимать "Save Changes", если нет, то продолжайте редактирование. Когда вас всё будет устраивать, нажмите "Save Changes" (если вы этого не сделаете, а просто закроете вкладку, ваша работа пропадёт).