Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.

Записаться в очередь на проверку

Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий

Список записавшихся в очередь на проверку

Блок 1: Знакомство, настройка учётных записей, первые шаги

1. Знакомство. Что такое биоинформатика?

8 сентября 2023

[ презентация (Д.Д.Пензар) ] [ презентация (А.В.Алексеевский) ]

2. Геном бактерии как файл. Подключение к серверу kodomo.

15 сентября 2023

С.А. Спирин, А.В. Алексеевский, Ю.А. Алешина, И.С. Русинов, В.В. Панова

[ мини-презентация (С.А.Спирин) ] [ мини-презентация (А.В.Алексеевский) ] [ задания ] [ подсказки ] [ геномы на выбор ] [ форма сообщения о выбранном геноме ]

Блок 2: Элементы работы с интерпретатором командной строки bash

3. Bash. Работа с файлами.

22 сентября 2023

И. Русинов, С.А. Спирин, И. Ильницкий, Ю. Алешина, В. Панова

[ задания ]

4. SFTP, спец. символы bash, текстовые файлы.

29 сентября 2023

И. Русинов, А. Жарикова, С.А. Спирин, И. Ильницкий, Ю. Алешина, В. Панова

[ задания ] [ подсказки ]

5. Потоки ввода/вывода, метаданные, работа с текстом.

6 октября 2023

И. Русинов, А. Жарикова, С.А. Спирин, И. Ильницкий, Ю. Алешина, В. Панова

[ задания ] [ подсказки ] [ видеозапись с 2021 года ] [ запись консультации ]

6. Исполняемые файлы. Контрольная

13 октября 2023

И. Русинов, А. Жарикова, С.А. Спирин, И. Ильницкий, Ю. Алешина, В. Панова

[ задания ] [ видеозапись с 2021 года ] [ запись консультации ]

Блок 3: Электронные таблицы

ОБЯЗАТЕЛЬНО ПО БЛОКУ 3.

На своей wiki странице поставьте ссылки на Google tables:

И share всем преподавателям выбрав Comments. 

Без такой ссылки найти для проверки ВЫПОЛНЕННУЮ работу очень долго
19 ноября 2023  ААл

7. Импорт данных, базовые понятия и методы

20 октября 2023

Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов

[ презентация AAl ] [ cow-table(демонстрация) ] [ презентация ER ]

[ tasks to be completed in class ] [ instructions for working in class ] [ подсказки по командам и методам ]

Запишитесь на проверку классной работы 7_class. Укажите адрес вашей google sheet

[ задания на дом ] [ инструкции ]

8. Другие методы ЭТ. Мини обзор генома бактерий: темы

27 октября 2023

Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов

[ презентация AAl ] [ task to be completed in class ]

Подсказки по построению гистограммы есть в презентации и в инструкции по ДЗ

[ задания ] [ инструкции ] 

1) У некоторых студентов возникла проблема 
со вставкой файла _feature_table.txt в Google sheet

В скорректированной инструкции к ДЗ пр.7 объяснено, как преодолеть проблему и почему она возникла.

На своей wiki странице объясните, была ли эта проблема у вас и когда.

2) У некоторых студентов в колонке strand возникли значения #ERROR! во всех строках, в которых цепочка 
обозначена + . Лечится так. Выделяете весь лист (Ctrl+A), ставите фильтр (Меню "Данные" → "Создать фильтр"), выбираете фильтр по колонке strand (значок правее названия колонки), убираете галочки от значений, отличных от #ERROR! Нажимаете OK, в колонке должны быть видны только значения #ERROR!. Заменяете верхнюю ячейку с #ERROR! на  '+   (одинарная кавычка в начале значит, что это текст). Распространяете это значение донизу, после этого убираете фильтр.
#ERROR! возникает потому, что при текущих настройках программа решает, что в ячейке недописанная формула, начинающаяся с + .

Блок 4: Программирование на Python

9. Базовый Python

3 ноября 2022

Дмитрий Босов, Дмитрий Пензар, Владимир Ноздрин, Даниил Хлебников

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 12 ноября 23:59. Обязательных заданий: 8

10. f-строки. Условные конструкции и цикл for.

10 ноября 2022

Владимир Ноздрин, Даниил Хлебников, Дмитрий Босов, Дмитрий Пензар

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 23:59 20.11.2023. Обязательных заданий: 8.

11. Цикл while. Списки.

17 ноября 2022

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Пензар

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 23:59 28.11.2023. Обязательных заданий: 10

12. Словари. Множества.

24 ноября 2022

Владимир Ноздрин, Дмитрий Босов, Даниил Хлебников

[ Лекция в Colab ]

[ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 5 декабря 23:59. Обязательных заданий: 8

13. Коротко о мини-обзоре. Модули в Python. Основы работы с файлами: чтение.

1 декабря 2023

Владимир Ноздрин, Даниил Хлебников, Дмитрий Босов

[ Лекция в Colab ]

[ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн ejudge: 9 декабря 23:59. Обязательных заданий: 8

14. Работа с файлами. Запись. Кит. Форматы биоинформатических файлов: простые таблицы, bed, fasta.

9 декабря 2022

Владимир Ноздрин, Дмитрий Босов, Даниил Хлебников

[ Лекция в Colab ]

[ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн ejudge: 20 декабря 23:59. Обязательных заданий: 6

[ задание с выкладкой результатов на страничке ]

Дедлайн заданий на kodomo: 21 декабря 22:00.

Блок 5: Мини-обзор генома и протеома бактерии или археи

Составляется в течение семестра на основе выполненных заданий блоков 2–4 и собственных инициативных результатов, по вашему выбору.

[ структура мини-обзора ]

[ про мини-обзор (презентация ААл) ]

[ немного о правилах оформления печатного текста (САС) ]

[ кому сдавать ]

2023/1 (последним исправлял пользователь dimabosov 2023-12-20 12:45:02)