Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023
Задания на дом
Импортируйте в файл Google Sheet (имя файла xxxxxxx_genome) таблицу особенностей вашей бактерии или археи
В файле должно быть пять страниц
Имя страницы |
Содержание |
Комментарии |
feature_table |
Скачанная таблица |
Первой колонкой должна быть добавлена колонка идентификаторов - номеров строк (line_id, 1, 2, 3 ... ) |
protein_cds |
Таблица с информацией обо всех белках |
lineID, locus_tag, и все колонки, характеризующие белки, БЕЗ столбцов, ничего не характеризующих (все значения одинаковы), БЕЗ ПОВТОРОВ — столбцов с одинаковой информацией |
RNAs |
Таблица с информацией обо всех РНК |
lineID, locus_tag, и все колонки, характеризующие РНК |
comments |
Тексты с пояснениями для проверяющих |
Коротко и понятно; комментариев может и не быть |
tmp |
Для проб |
Не обязательна; не проверяется |
2. Скачайте в свою директорию ~/term1/genome на kodomo файл с кодирующими последовательностями всех белков (... cds_from-genomic.fna), закодированных в геноме вашего организма.
CDS = Coding DNA Sequence, последовательность нуклеотидов, кодирующая белок