2024
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 3
дедлайн: 15.03.2024
В рамках этого практикума Вам потребуется рассмотреть запись в базе PDB. Список pdb_id: тут
В базе PDB найдите структуру с заданным вам pdb_id. Скачайте файл структуры в формате .pdb. Опишите её по следующим критериям. Подготовьте иллюстрации, демонстрирующие описание.
Инструкция по установке Pymol приведена в презентации. Не стесняйтесь обращаться за помощью, если что-то не получается. На каждый блок вопросов должно получиться хотя бы по одной картинке. При подготовке иллюстраций используйте опции рендера ray/draw. Скриншот окна Pymol недопустим. Основная задача иллюстраций - демонстрация какого-либо феномена в строении вашего белка. Используйте возможности PyMOL для отображения деталей, необходимых для понимания вашей мысли - и не стесняйтесь прятать отображения или участки структуры, мешающие рассмотреть что-то важное.
Структура в целом
- Какой тип макромолекул представлен? Покажите общий вид структуры в вашей записи PDB. Рационально будет продемонстрировать общий вид хода остова полимерных цепей, используйте отображение cartoon.
- Сколько полимерных цепей присуствует в структуре? Есть ли среди них идентичные по последовательности? Если их несколько, отобразите их разными цветами.
- Сколько цепей и каких входит в одну биологическую единицу? Если биологическая единица отличается от асимметрической - покажите это.
Отдельные цепи
Для каждой полимерной цепи:
- к какому организму относится данная макромолекула?
- укажите uniprot_id, название и функцию данной цепи из базы Uniprot.
- Есть ли мутации в последовательности относительно референса из Uniprot?
- Есть ли в составе цепи модифицированные аминокислотные остатки?
- Покрасьте белок по типу вторичной структуры. Используйте меню color - by ss.
Малые молекулы
- Какие малые молекулы присутсвуют в записи? Для каждого типа малых молекул укажите краткое (3 символа) и полное (Name) наименование.
- Для каждого типа малых молекул найдите соответствующие строки в файле pdb и сохраните их в новый файл. Дайте ссылку на него в отчёте.
- Для хотя бы одного типа малых молекул (но не воды) подготовьте изображение белкового окружения. Покажите аминокислотные остатки белка на расстоянии до 5 ангстрем от молекулы лиганда. Подпишите номера и названия этих аминокислот, а также наименование лиганда на картинке. См. пример в презентации.
- На доп.баллы: обратитесь к статье, описывающей получение данной структуры. Какую функцию несут представленные в структуре малые молекулы? Связаны ли они с выполнением функции белка и его расположением в клетке или были добавлены искусственно в процессе получения структуры?