Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Семестр 2. Структуры и последовательности белков

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

Записаться в очередь на проверку

Состояние очереди

Блок 1. HTML, CSS, основы веб-дизайна

1. Введение в HTML, основы CSS

13 февраля, В. Маслова, А. Фокина

[ презентация ] [ текст "практикума" ] [ задания ]

2. CSS, Bootstrap

20 февраля, В. Маслова, А. Фокина

[ презентация ] [ задания ]

Блок 2. Пространственные структуры белков

3. PDB, PyMOL

27 февраля, В. Маслова, А. Фокина

[ презентация ] [ задания ]

4. Взаимодействия

05 марта, В. Маслова, А. Фокина

[ презентация ] [ задания ]

5. Взаимодействия

12 марта, В. Маслова, А. Фокина

[ презентация ] [ задания ]

6. Функции биомакромолекул

19 марта, В. Маслова, А. Фокина

Блок 3. Банки белковых последовательностей

7. UniProt

26 марта, И. Русинов, Р. Ириоглов

[ презентация ] [ задания ] [ UniProtKB flat file manual ]

8. UniProt Proteomes, EMBOSS

2 апреля, И. Русинов, Р. Ириоглов

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

Блок 4. Выравнивания белковых последовательностей

9. Выравнивание как отражение эволюции. Программы парного выравнивания. Jalview

9 апреля, С.А.Спирин, Ю.А.Алёшина

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

10. Программа BLAST

16 апреля, С.А.Спирин, Ю.А.Алёшина

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

11. Множественное выравнивание как отражение эволюции белков

23 апреля, А.В.Алексеевский, Ю.А.Алёшина

[ презентация] [ задания ] [ пояснения ] [ Форма для ответа на практическое задание в классе ]

Коллеги, форму для ответа на практическое задание в классе можно и нужно заполнять тем, кто не присутствовал на занятии. Задание будет учтено со штрафом за опоздание.

— ЮА

12. Алгоритмы и программы множественного выравнивания. Базы гомологичных доменов

30 апреля, А.В.Алексеевский, Ю.А.Алёшина

[ презентация ] [ задания ] [ пояснения ]

[ PF00145_seed ] [ pf00145_seed-tcoffee ] [ Форма для ответа на практическое задание в классе ] [ PF00145_seed-reduced ] [ PF00145_seed-tcoffee-reduced ]

Форму для ответа на практическое задание в классе можно и нужно заполнять тем, кто не присутствовал на занятии. Задание будет учтено со штрафом за опоздание.

— ЮА

Программу для сравнения двух выравниваний тех же последовательностей, построенных разными программами, написали Ксения Кирцова, Ветров Антон, Джолос Ксения, Екатерина Чистякова, Дозорова Полина, Масленников Вячеслав.

Программа Ксении Кирцовой верно выдает блоки, но неправильно считает процент совпадающих колонок. Я это не сразу заметила.

У Масленникова Вячеслава всё работает верно, формат выравнивания должен быть stockholm.

У Ксении Джолос тоже всё хорошо.

Коллоквиум по блокам 3 и 4

14 мая

[ программа ]

21 мая продолжается сдача коллоквиума.

2023/2 (последним исправлял пользователь vakulenko_julia 2024-05-27 10:35:45)