2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
Практикум 5
Работайте со структурой белка, данной вам для практикума 3. Список pdb_id: тут
Рассматриваемый вами белок является ферментом (или фрагментом более крупного белка, обладающим каталитической активностью). Также со структурой вашего белка связана молекула низкомолекулярного ингибитора, блокирующего его каталитическую активность.
На странице записи о вашем белке в базе PDB, в разделе Macromolecules указан его EC номер (например, EC: 3.4.22.69). Данный номер указывает, какую конкретно каталитическую активность выполняет ваш белок. Откройте соответствующую запись в базе EXPAZY и опишите, какую реакцию катализирует ваш фермент.
Рассмотрите подробную аннотацию последовательности вашего белка в базе PDB (раздел Sequence Annotations, кнопка Expand). Определите, какие остатки входят в состав каталитического центра вашего фермента. Подготовьте иллюстрацию, демонстрирующую расположение этих остатков в структуре вашего белка. Есть ли какие-либо взаимодействия между остатками каталитического центра? Покажите их на иллюстрации.
Рассмотрите ближайшее окружение каталитического центра (остатки на расстоянии до 5 ангстрем). Есть ли какие-либо взаимодействия между остатками каталитического центра и их окружением? Покажите их на иллюстрации.
Изучите связывание низкомолекулярного ингибитора с вашим ферментом. На каком расстоянии от каталитического центра расположена молекула ингибитора? *Как вы думаете, почему связывание ингибитора останавливает каталитическую активность вашего белка?