2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
Задание по теме "гомология и выравнивание"
Результаты оформляются в виде отдельной страницы на своём сайте.
Дедлайны. Мягкий — 7 мая, жесткий — 14 мая.
Формулировка задания подверглась изменениям 6 мая. Новым требованием задания является заполнение таблиц с информацией о семействе Pfam и найденных блоках в выравниваниях. Ранее выполненные, тем более, проверенные работы оцениваются без новых требований - заполнения таблиц. Но советую всем, кто уже делал pr11, посмотреть обновленные указания. — ЮА
1. Выберите семейство доменов из Pfam для анализа
Рекомендуемые ограничения
- Число последовательностей в выборке seed не менее 30 и не более 100
- Число доменных архитектур белков с доменом из семейства не менее 3; две или более архитектур должны быть представлены не менее, чем 10-ю белками.
- Известна 3D структура домена
Чтобы выбранный домен годился для задания практикума 12, нужны 3D структуры не менее 3х доменов. Обратной силы это дополнительное ограничение не имеет
2. Кратко опишите семейство
Включите формальные данные AC семейства (PF-номер), ID (полное название), Число последовательностей в seed и full(=all).
Рекомендуем скопировать, заполнить и включить в отчёт [ таблицу 11-2 ]
Число доменных архитектур. Можно написать что-нибудь про них, если найдёте что-нибудь интересное.
Опишите что-нибудь о функции и/или 3D структуре домена. То - что понятно вам, на русском языке и так, чтобы было интересно вам, значит, и читателю. Не старайтесь перевести всё, что написано в аннотациях. Лучше меньше - да лучше!
Напишите о таксономической распространённости домена.
3. Опишите выравнивание seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
- Опишите максимальный блок достоверного выравнивания - включающий фрагменты из всех последовательностей
- - включающий фрагменты не из всех последовательностей.
- Участок выравнивания, на котором нет основания считать, что выравнивание отражает ход эволюции
- Сохраните проанализированное выравнивание seed как проект Jalview (jvp) и поставьте на него гиперссылку из отчёта. Для каждого пункта задания в проекте должно быть отдельное окно. Подмножества последовательностей, для которых вы описываете максимальные достоверные блоки, должны быть сгруппированы (п.2.).
Рекомендуем скопировать, заполнить и включить в отчёт [ таблицу 11-3 ] В отчёте опишите результаты вашего анализа участков гомологичности последовательностей в выравнивании seed Вашего домена.
4.(*) Выберите две доменные архитектуры с выбранным доменом. Верно ли, что домены, входящие в состав белков с разной доменной архитектурой, достоверно различаются?
Перевели это задание в разряд дополнительных из-за возможных осложнений при нахождении нужного домена в выравнивании полноразмерных последовательностей многодоменных белков
Укажите в отчёте какие это доменные архитектуры и сколько белков с каждой из архитектур в выравнивании
В отчёте приведите примеры различий в виде картинок выравниваний участков (или самих выравниваний участков) с подписями, в чем различие. В отчёте оставьте гиперссылку на выравнивание в виде проекта Jalview. В окне с выравниванием доменов из двух архитектур домены из архитектур должны быть сгруппированы: сверху домены из одной архитектуры, снизу из другой.
В чём интерес задания - в эволюции. Если доменные архитектуры образовались из уже разошедшихся в эволюции доменов, то домены из разных архитектур будут достоверно различаться. Если при образовании двух доменных архитектур в многодоменный белок включался общий предок рассматриваемых доменов, то различие доменов из архитектур определяется эволюционным временем от этого общего предка и отличие между доменами из разных архитектур будет не настолько значительным.
5. Постройте карту локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
Скопируйте, заполните и включите в отчёт таблицу [ таблицу 11-5 ]
Приведите карту и прокомментируйте её.
UNDER CONSTRUCTION