2024
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 12. Алгоритмы и программы множественного выравнивания. Базы гомологичных доменов
Результаты оформляются в виде отдельной страницы на своём сайте.
Дедлайны. Мягкий — 14 мая, жесткий — 21 мая.
Задания
1.(*) Реализуйте алгоритм сравнения разных выравниваний одних и тех же последовательностей, описанный в презентации
Если студент или маленькая команда (2-4 человека) быстро напишут программу и инструкцию по её использованию и передадут её всем студентам, то авторы получают зачёт задания с бонусом.
Требования.
- программа запускается из командной строки
- с опцией -h выдаётся информация о том как запустить программу и требования ко входным данным
- выходной файл содержит список (i, j) одинаково выровненных колонок (см. презентацию)
- работа программы проверена как минимум на одном примере
- доступна краткая инструкция, в которой оговорены все условия на входные файлы, способ запуска, формат выходного файла
- выдаёт (в stdout, например) аналитическую информацию о сравнении (длину выравнивнивая 1, длину выравнивания 2, % выровненных колонок от длины каждого из выравниваний, координаты блоков - идущих подряд одинаково выровненных колонок,)
2. Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей тремя разными программами A, B, C
- В отчёте результаты сравнения выравниваний A с B и A с C.
Результат сравнения двух выравниваний - список блоков одинаково выровненных колонок; блок описывается так: (s1,f1)=(s2,f2); здесь s1 номер первой колонки блока, f1 номер последней колонки в выравнивании 1, аналогично в выравнивании 2; длина блока f1-s1+1 = f2-s2+1 >= 2
- Список одинаково выровненных колонок, не входящих в блоки
- Гиперссылка на проект Jalview cо сравниваемыми выравниваниями одних и тех же последовательностей
- Обсуждение результата
Методы
ручной метод в Jalview и с использованием сервиса [ VerAlign ]. Минимально, следует найти несколько участков совпадения выравниваний и участков несовпадения для двух пар выравниваний.
- с помощью программы для сравнения выравниваний. В этом случае выберите одно выравнивание как референсное и сравните более, чем с двумя другими. Какое из выравниваний более похоже на референсное?
3. Постройте выравнивание по совмещению структур и сравните его с выравниванием программой MSA
Подсказки обновила. Посмотрите, пожалуйста, перед тем, как делать задание.