2024
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Задание практикума 10
Подберите пару нуклеотидных последовательностей, для которых карты локального сходства, построенные Megablast и BLASTN, заметно различаются (примеры из презентации не засчитываются!). Отчёт — на сайте со ссылкой со страницы семестра. В отчёте напишите, что это за последовательности, каким запросом на каком сайте вы их нашли, приведите обе карты и свои комментарии.
Рекомендуется брать полные геномы или отдельные полностью собранные хромосомы прокариот или вирусов. Не возбраняется подобрать что-то другое, но тоже интересное (например, плазмиды бактерий или участки эукариотических геномов, кодирующие рибосомальную РНК, или ещё что-нибудь).
В комментариях желательно описать всё, заслуживающее внимания (в частности, про глобальные перестройки между последовательностями, которые можно видеть на картах).
См. указания
Задание творческое, базовая оценка — 3 балла. Пятёрку буду ставить только за почти идеальное выполнение. САС
Дополнительное задание
Подберите пару нуклеотидных последовательностей, для которых карта локального сходства, построенная tblastx, существенно информативнее по сравнению с построенной blastn. Приведите обе карты и опишите всё, заслуживающее внимания.
Чтобы воспользоваться программой tblastx, нужно сначала открыть страницу запроса другого варианта BLAST (например, blastn), а затем найти вверху малозаметную серую кнопочку переключения на tblastx.