2024
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Программа коллоквиума 7 марта 2025
Коллоквиум будет состоять из двух частей: краткий отчет по трем практикумам и ответы на теоретические вопросы.
Рассказывая о практикумах, нужно будет:
- Продемонстрировать результаты реконструкции филогении тремя методами, рассказать про эти методы.
- Для одного из деревьев: указать все нетривиальные ветви.
- Открыть на своей странице изображение эталонного дерева данных организмов. Сказать, противоречит ли топология реконструированного дерева топологии эталонного. Если противоречит, то указать противоречащие ветви ветви. Если нет, то объяснить, почему вы в этом уверены.
- Продемонстрировать результат бутстреп-анализа (задание 2 к занятию 3). Объяснить, как проводится бутстреп-анализ, в частности, смысл чисел на ветвях. Сравнить результат бутстреп-анализа с эталонным деревом. Если не все ветви верные: верно ли, что неверные ветви хуже поддержаны?
- Продемонстрировать дерево с внешней группой, прокомментировать корректность укоренения с помощью внешней группы.
- Продемонстрировать результат реконструкции филогении тех же животных по 12S рРНК, сравнить с эталоном и с деревьями по белку, прокомментировать.
Теоретические вопросы (надо будет ответить на два вопроса из списка ниже):
- Опишите судьбу возникшей в популяции мутации. Каков может быть ее конец? От чего это зависит?
- В чем заключается принцип молекулярных часов? Всегда ли он работает?
- Что такое модель эволюции и чем могут различаться разные модели?
- Опишите классификацию методов филогенетической реконструкции.
- Зачем укоренять дерево? Можно ли анализировать неукорененное дерево, если его сложно укоренить?
- Опишите способы укоренения дерева, их преимущества и недостатки.
- Какой метод реконструкции строит укорененное дерево? Как это следует из его алгоритма? При каком предположении имеет смысл применять этот метод?
- Чем разные переборные методы отличаются друг от друга? Приведите пример.
- На нарисованном преподавателем дереве проведите процедуру NNI и SPR.
- Что такое ортологи и паралоги?
- Почему дерево ортологичных белков не всегда совпадает с деревом соответствующих организмов?
- Что такое "ультраметрическое дерево"? При каком предположении имеет смысл строить такое дерево?
- Объяснить, как расстояния между последовательностями оцениваются на основании принципа наибольшего правдоподобия.
- Сколько ветвей у разрешённого дерева с n листьями? Сколько из них нетривиальных?
- Как подсчитать число различных (разрешённых и неукоренённых) деревьев для заданного набора организмов?