Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Сигналы. Практикумы 8‒11

Программа коллоквиума 25 апреля 2025

Тема 1. Сигналы в геномах прокариот и эукариот

ВОПРОСЫ

1. Перечислить характеристики, которые следует знать о любом сигнале
2. Чем сильный сигнал отличается от слабого?
3. Перечислите возможные носители сигнала в геноме
4. Перечислите известные виды метилирования оснований ДНК у прокариот и эукариот. Как закодирован сигнал метилирования в геноме. Самый распространённый сигнал метилирования у высших эукариот.
5. Объяснить термин "эпигеномика" на примере метилирования ДНК у высших эукариот
6. Множественность сигналов для определённого действия. Привести пример.
7. Коротко перечислить сигналы основных процессов в жизни клетки

Тема 2.Методы поиска известных сигналов в геноме

1. Перечислить основные методы. С примерами.
2. КР по построению PWM ( Мне проверить контрольные!!! Подготовить бланки ААл) Теория: рассказать последовательность действий для построения матрицы и её применения
3. Почему в коротких сигналах в ДНК почти не встречаются гэпы?
4. Формула информационного содержания сигнала по Шнайдеру. LOGO сигнала, определяемого последовательностью ДНК

Тема 3.Поиск мотивов во входных последовательностях de novo

1. пакет MEME
   1. входные данные, пример;
   2. результат;
   3. алгоритм (Л2, стр. 40-42);
   4. E-value мотива, что показывает;
   5. ограничения MEME (Л2, стр. 43);
   6. поиск новых представителей найденного сигнала;
   7. сервисы для поиска мотивов (Л2б стр. 48).

Тема 4.Домены белков, повторение (Л3 стр. 2-5)

1. Объяснить, что такое домен белка. Банк Pfam
2. Подготовить пример домена из своих заданий или любой другой
3. Идентификаторы одной записи БД Pfam
4. Перечислить, какую информацию одержит одна запись БД Pfam
5. Что такое доменная архитектура белка?

Тема 5. Мотивы в белках и их поиск

1. Поиск мотивов с помощью анализа множественного выравнивания в Jalview (подготовить пример выравнивания seed домена Pfam)
2. Запись паттерна в Jalview и формат БД PROSITE.
3. Что содержит БД Prosite?
4. Что позволяет делать сервис Prosite?
5. Позиционная весовая матрица PSSM: что нового по сравнению с PWM?

Тема 6. PSI BLAST

1. Объяснить работу PSI BLAST

Тема 7. Технология HMM-профилей поиска доменов в последовательностях белков и новых представителей семейств гомологичных белков

Идеально, но не обязательно демонстрировать на выполненном домашнем задании задании пр.11

1. Чем отличаются HMM-профили от матриц PWM и PSSM? (Л4 стр. 1-2)
2. Опишите порядок действий при создании HMM-профилей (Л4 стр.3)
3. Что такое выравнивания seed в Pfam? (Л4 стр.5)
4. Как определяется находка HMM-профиля во входной последовательности? (Л4 стр.6)
5. Объясните автомат, соответствующий HMM-профилю (Л4 на стр. 7-9)
6. Смысл чисел, стоящих в матрице, называемой HMM-профиль (Л4 стр. 14 и 16)
7. Перечислите основные программы пакета HMMER2, установленного на kodomo и объясните, что делает каждая из них (Л4 стр.17)
8. Объясните отличие, достоинства и недостатки пакта HMMER3 (Л4 стр. 19 и 20)
9. Объясните постановку задачи на использование HMM-профиля, которую выбрали для решения или планируете выбрать, но пока ничего не сделали (в этом случае можно посоветоваться с преподавателем) (Л4 стр 27)

Как-то так ААл.