2024
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 1. Филогенетическое дерево.
Цель задания: построить филогенетическое дерево нескольких животных. Позже вы будете сравнивать это дерево с реконструкциями филогении тех же животных по последовательности белка — цитохрома B.
Отчёт по заданию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия.
1. Подберите таксон (или несколько родственных таксонов) многоклеточных животных (Metazoa) и 10–15 представителей этих таксонов таких, что в банке Swiss-Prot имеются последовательности полноразмерных цитохромов B из выбранных животных. См. указания
2. Пользуясь таксономическим сервисом NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/ , определите полную таксономию каждого из выбранных животных. Заполните таблицу из трёх столбцов: латинское название рода и вида, таксономия, мнемоника Swiss-Prot
3. Напишите скобочную формулу (формат Newick) для дерева, отражающего таксономию
4. Визуализируйте дерево в сервисе iTOL, включите изображение в отчёт
Замечание. Желательно, чтобы построенное по таксономии дерево было возможно более разрешённым. Это значит, что в нём должно быть как можно меньше небинарных узлов (небинарный узел — из которого выходит больше двух ветвей, как тот узел в дереве в примере ниже, из которого выходят ветви к HORSE, CANLU и MYOVO). Для этого при подборе животных старайтесь, чтобы каждый род в вашей выборке был представлен не более чем двумя видами, каждое семейство — не более чем двумя родами и т.д.
Пример отчёта
Здесь семь животных, но в вашем реальном отчёте их должно быть не менее десяти.
