Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Практикум 2. Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев

Создайте выравнивание последовательностей цитохромов B из выбранных вами при выполнении предыдущего практикума животных.

Реконструируйте филогенетическое дерево тремя способами:

  1. Программой fastme, оценивая эволюционные расстояния как p-distance, остальные параметры по умолчанию.
  2. То же, но оценивая эволюционные расстояния с помощью модели MtREV.
  3. Программой iqtree со всеми параметрами по умолчанию.

Визуализируйте все три дерева сервисом iTOL. Для каждого дерева, если на дереве есть ветвь, в которой (согласно дереву видов) должен быть корень, то укорените дерево в эту ветвь. Сохраните изображения деревьев в формате PNG.

Сравните деревья с деревом видов и для каждого опишите ошибки реконструкции.

См. подсказки

Отчёт по практикуму выложите на сайт до начала следующего занятия, со ссылкой со страницы семестра.

Напоминаем про важность оформления! Все рисунки в отчёте должны быть подписаны, причем подписаны информативно (например, можно прямо в подписи указать, какой программой и с какой моделью строилось дерево). Размер картинок тоже должен быть разумным: гигантские картинки не позволяют одновременно изучать их и сопровождающий текст. А если вы сравниваете две картинки, то в идеале они обе должны помещаться на мониторе (по желанию можно на самих картинках отметить различия, о которых вы говорите в тексте).

2023/4/task2 (последним исправлял пользователь sas 2025-02-13 16:04:55)