2024
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 3
1. Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям
Для выбранных вами животных реконструируйте дерево по последовательностям малой РНК митохондриальных рибосом (12S rRNA). Можно использовать fastme или iqtree. Сравните дерево с таксономией и с деревьями, построенными по последовательностям цитохромов B.
2. Укоренение во внешнюю группу
Подберите животное, которое может служить внешней группой, то есть не относящееся к самому нижнему таксону их тех, к которым принадлежат все ранее выбранные животные. Постройте (по цитохромам B или по 12S rRNA) совместное дерево и укорените в ветвь, ведущую к внешней группе. Сохраните изображение и вставьте его в отчёт. Прокомментируйте получившееся укоренение исходной группы животных.
3. Бутстреп
Повторите одну из ранее сделанных филогенетических реконструкций программой fastme, использовав 100 реплик бутстрепа. Сохраните изображение, на котором ветви подписаны числами поддержки, и включите его в отчёт. Прокомментируйте; прежде всего обратите внимание, верно ли, что неправильно реконструированные ветви имеют более низкую поддержку.
См. подсказки.