Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Практикум 6. Базы данных KEGG, GO и другие

Отчёт по этому заданию необходимо выложить на свой сайт со ссылкой со страницы семестра.

Мягкий дедлайн: 28 марта в 23:59. Жесткий дедлайн: 4 апреля в 23:59.

Каждому из Вас дан список ID генов человека [ Списки ID ] (каждый файл назван как Login.txt)). Вам необходимо проанализировать список ID с помощью как минимум двух баз данных/сервисов: GO, STRING, Human Protein Atlas, KEGG, Reactome, GeneCards, Panther. За дополнительные базы данных - бонусные баллы. Обязательно сделать хотя бы один анализ обогащения терминами! Если в качестве второй базы Вы выбираете GeneCards или Human Protein Atlas, то можно проанализировать только один ID из списка.

В качестве отчета оформите страницу на kodomo в виде СВЯЗНОГО ТЕКСТА с иллюстрациями. Не стесняйтесь проявлять свою фантазию и испытывать чувство юмора проверяющих, главное, чтобы это не мешало содержательной части отчета. В отчете должна быть представлена вся необходимая информация для понимания сути и цели исследования.

В отчете обязательно должно быть следующее:

• Кратко опишите входные данные (что они из себя представляют, сколько генов в списке, ссылка на список)
• База/сервис 1.
  1. Опишите анализ, который Вы задумали сделать.
  2. Краткие возможности базы данных/сервиса (что можно с его помощью сделать, на какие вопросы ответить, какую информацию получить, ...) и какие возможности выбранной базы данных вы использовали.
  3. Какие результаты Вы получили.

  4. Проиллюстрируйте результаты, если возможности выбранного ресурса это позволяют. Подписи к иллюстрациям должны быть понятными без обращения к тексту Вашего отчета. В тексте должны быть ссылки на все рисунки.

  5. Все полученные результаты должны быть обсуждены - ЭТОТ пункт САМЫЙ главный, нам нужны ВАШИ мысли по поводу сделанного.
• База/сервис 2.
  • План аналогичный.

Хотя бы в одном сервисе надо сделать анализ обогащения терминами. При описании результатов:

1. Укажите параметры запуска анализа: метод, поправка на множественное тестирование.
2. Приведите ссылку на таблицу с результатами, отсортированную по p-value с поправкой.
3. Сколько терминов (GO terms, путей в KEGG или др.) оказалось в выдаче?
4. В тексте опишите лучшие находки.

• Выводы

Бонусное задание: возьмите один ID и проанализируйте его средствами Genome Browser.

Оцениваться будет качество вашего отчета - связность и осмысленность обсуждения результатов, оформление.

Постарайтесь отнестись к заданию, как к возможности ознакомиться с разными ресурсами, проявить научную самостоятельность и узнать что-то новое и интересное.

Если у вас не получилось найти значимого обогащения терминами, напишите преподавателям. Но такое крайне маловероятно, потому что Вам даны списки генов, участвующие в определенных процессах (это подсказка).

При возникновении трудностей не стесняйтесь нам писать.