Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2023

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Практикум 8: задания

Отчёт по этому заданию выкладывается на сайт со ссылкой со страницы семестра. Срок без потери баллов — 7 апреля 2024. Срок со штрафом 0,5 балла — 14 апреля 2024.

Отчёт в свободной форме. Можно выполнять небольшой командой — вдвоём или втроём.

Чтобы не было искушения присоединится к уже почти сделанной работе, прошу сообщить о составе команды до 4 апреля включительно.

Технически, может быть один текст (включающий список авторов, и вклад каждого, конечно) со ссылками со страниц всех авторов.

1. Выберите для исследования один из известных сигналов, закодированных в геноме

Можно взять такие основные сигналы.

1. Старт транскрипции в геномах прокариот (-35 и -10)
2. Терминация транскрипции у прокариот Rho зависимая
3. Терминация транскрипции у прокариот Rho независимая
4. Сайт посадки рибосомы в mRNA у бактерий и архей (последовательность Shine-Dalgarno)
5. Сайт инициации трансляции в mRNA у человека или другого эукариота (последовательность Козак)
6. OriC участок инициации репликаци и у бактерий
7. G-квадруплексы в промоторах генов, регулирующие транскрипцию генов у прокариот или эукариот
8. Cайты метилирования в промоторах, регулирующие транскрипцию
9. Любые другие интересные сигналы в геноме

2. Кратко опишите выбранный сигнал

Включает литературную составляющую и демонстрацию примеров сигнала

В описании укажите:

1. Название сигнала
2. Носитель сигнала
3. Кому адресован
4. Предназначение — как должен реагировать адресат
5. Силу сигнала (можно высказать гипотезу)
6. Примеры сигнала
7. Ссылки на литературу

3. Найдите сервис для поиска выбранного сигнала. Опишите как он работает и проверьте работоспособность на примере.

Если на сайте сервиса представлен пример входных данных, то можно и его использовать. Свой, конечно, лучше

Если примеров найдётся достаточно, можно построить свою PWM на материале обучения и проверить её работу. В BioPython есть такой метод. В пакете EMBOSS есть программа prophecy.

Подготовьтесь к контрольной по теории PWM

Теория PWM входит как обязательная тема в зачёт. Контрольная состоится на занятии 4 апреля