Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2024

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Подсказки по выполнению заданий практикума 2

Смена пароля пользователя

Для замены временного пароля на постоянный необходимо:

1. Включить компьютер в классе и дождаться окошка ввода логина и пароля.
2. Ввести свой логин в верхнее поле.

3. Нажать <Tab> или перевести фокус ввода во второе поле мышкой. Не спешите, переход фокуса ввода произойдет с ощутимой задержкой (1-2 секунды).

4. Ввести временный пароль (его сообщат преподаватели) во второе окошко и нажать <Enter>. Под полем ввода должно появиться сообщение, что пароль устарел (по-английски). Если появилось сообщение, что пароль неверный, значит вы ошиблись при вводе имени пользователя или пароля. Проверьте имя пользователя и введите временный пароль еще раз, убедившись, что выставлен правильный язык и не нажат <Caps Lock>.

5. Введите в нижнее поле свой новый пароль и нажмите <Enter>. После этого введите новый пароль в это поле еще раз.

6. Если вы все сделали правильно, то должен появиться рабочий стол. В этом случае надо разлогиниться и войти еще раз с новым паролем для проверки.
7. Если что-то было сделано неверно, рабочий стол не появится, а под полем ввода пароля появится сообщение об ошибке. Его надо понять, и повторить требуемые этапы верно.
8. Если не понимаете сообщений, или что-то не получается, зовите преподавателя.

Создание файлов с информацией о геноме

Поиск требуемых файлов на сервере NCBI

Скопируйте из таблицы интернет-адрес (URL) папки, соответствующей геномной сборке выбранного вами прокариота, и вставьте в адресную строку браузера. Браузер отобразит содержимое папки в виде таблицы, каждая строка которой соответствует одному файлу. Имя файла в первой колонке является ссылкой. Не переходите по этим ссылкам! Для скачивания файла вам потребуется скопировать ссылку с помощью контекстного меню (вызывается щелчком правой клавишей мыши по ссылке), пункт меню называется "copy link".

Требуемые файлы имеют следующие имена.

Последовательность генома в формате fasta – файл с именем, заканчивающимся на genomic.fna.gz, но не на from_genomic.fna.gz. Если таких файлов несколько, то позовите преподавателя.

Последовательности белок-кодирующих участков – файл с именем, заканчивающимся на cds_from_genomic.fna.gz.

Таблица локальных особенностей генома – файл с именем, заканчивающимся на feature_table.txt.gz.

Запуск интерпретатора командной строки

Вам потребуется запустить программу, которая называется "Terminal".

После запуска необходимо убедиться, что активной папкой интерпретатора команд является ваша домашняя папка. Для этого введите команду pwd (от print working directory) и нажмите <Enter>.

linclassNN@логин:~$ pwd
/home/students/y24/логин 
linclassNN@логин:~$

Если выдача команды соответствует примеру (заканчивается на ваш логин), то активной является ваша домашняя папка. Иначе вам надо "перети" в домашнюю папку с помощью команды cd (от change directory).

linclassNN@логин:~/Desktop$ pwd
/home/students/y24/логин/Desktop 
linclassNN@логин:~$ cd
linclassNN@логин:~$ pwd
/home/students/y24/логин
linclassNN@логин:~$

Активная папка обычно отображается в приглашении командной строки (текст, который выводится до символа $). Но всегда стоит проверять активную папку с помощью pwd, пока не будете чувствовать себя уверенно в командной строке.

Создание папок и перемещение между ними

Создание поддиректории: mkdir имя, переход в поддиректорию cd имя.

В данном задании вам необходимо выполнить такую последовательность команд:

linclassNN@логин:~$ mkdir term1
linclassNN@логин:~$ cd term1
linclassNN@логин:~/term1$ mkdir genome
linclassNN@логин:~/term1$ cd genome
linclassNN@логин:~/term1/genome$ pwd
/home/students/y24/логин/term1/genome
linclassNN@логин:~/term1/genome$

(создаёте директорию "term1", переходите в неё, создаёте в ней поддиректорию "genome", переходите в неё). Дальнейшие действия производите, не выходя из директории genome.

На всякий случай (в этом задании не понадобится, но уже на следующем нужно будет знать): чтобы перейти из поддиректории в "родительскую" директорию, выполните cd .. (после пробела две точки подряд).

Скачивание файлов по URL-ссылкам

Файл из интернета скачивается командой wget, например команда:

linclassNN@логин:~$ wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/...ASM171865v1/assembly_status.txt
 -- информация о процессе скачивания или сообщение об ошибке --

создаст в текущей директории файл assembly_status.txt, скачанный с указанного интернет-адреса.

Длинные адреса трудно набирать руками. Можно сделать так:

• Предварительно нужно скопировать в буфер обмена адрес (URL) нужного файла.

• В командной строке нужно набрать wget и затем пробел, после пробела нужно будет вставить адрес, поэтому не нажимайте пока <Enter>!

• Выложить содержимое буфера обмена в командную строку. Это делается так:

  • В окне терминала Linux: клавиши <Crtl>+<Shift>+v

  • В окне cmd Windows: ткнуть мышкой в иконку с буквой "C" в левом верхнем углу окна и в открывшемся меню выбрать Изменить → Вставить (Edit → Paste)

  • В окне консоли Mac: клавиши <Cmd>+v

• Нажать <Enter>, чтобы выполнить получившуюся команду. Возможно, придётся некоторое время подождать, пока файл скачивается.

После завершения скачивания обязательно выполните команду ls, чтобы убедиться, что файл появился. Если он не появился, внимательно прочитайте, что вам сообщила машина после выполнения wget. Возможно, вы сами догадаетесь, что было не так. Если нет – зовите преподавателя.

linclassNN@логин:~/term1/genome$ ls
assembly_status.txt
linclassNN@логин:~/term1/genome$

Распаковка файлов и их просмотр

Запакованный gzip-файл (его имя в норме кончается на ".gz") распаковывается командой gunzip. Например, если файл называется "something.txt.gz", то можно выполнить команду:

linclassNN@логин:~$ gunzip something.txt.gz
linclassNN@логин:~$ 

в результате (если формат файла "something.txt.gz" был правильный), запакованный файл "something.txt.gz" исчезнет, а вместо него возникнет распакованный файл "something.txt"

В вашем случае имена файлов очень длинные, их тяжело набирать руками, но можно воспользоваться тем, что у вас в директории genomes должен быть ОДИН файл с именем, кончающимся на "fna.gz" (если вы скачиваете и распаковываете их по очереди) и один с именем, кончающимся на "txt.gz". В такой ситуации команды

linclassNN@логин:~$ gunzip *fna.gz
linclassNN@логин:~$ gunzip *txt.gz
linclassNN@логин:~$

сделают то, что вам нужно (увидев звёздочку, машина сама заменит её на недостающие буквы).

(Есть другой способ облегчить жизнь в подобной ситуации — использовать клавишу Tab. Про это будет на ближайших занятиях, но можете и попробовать самостоятельно разобраться).

После того, как файл распакован, имеет смысл бегло просмотреть его содержимое программой less, например:

linclassNN@логин:~$ less *.fna
 -- запустится программа less --

(внутри программы less передвижение по файлу стрелками вверх и вниз, выход — клавиша q).

Окончание работы с командной строкой

Не следует закрывать окно терминала с помощью крестика в углу. Правильный способ завершения работы с командной строкой – ввод команды exit.

linclassNN@логин:~$ exit
После ввода команды терминал должен закрыться сам.

Создание персональной страницы на kodomo/wiki

Каждый пользователь wiki на kodomo может (а в Вашем случае еще и должен) создать персональную "домашнюю" wiki-страницу, которая располагается по адресу https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/YOURLOGIN (вместо YOURLOGIN должно быть ваше пользовательское имя на kodomo). Этот адрес Вы можете набрать в адресной строке браузера самостоятельно, или нажать на свое пользовательское имя в правом меню (оно там появится только после входа в систему wiki). На открывшейся странице будет сообщение, что Ваша страница еще не существует, и предложение её создать (ссылка "Create my home page now!" внизу страницы). Вам нужно перейти по ссылке, после чего Вы окажетесь в wiki-редакторе.

• Не удаляйте строчки, помеченные # в начале страницы. Строки, начинающиеся на ##, можете удалять, это комментарии.

• Творите!

• О дополнительных инструментах для творчества вы можете прочитать по ссылкам HelpOnEditing и другим, расположенным в нижней части страницы-редактора.

• Озаглавьте страницу. Конструкция @ME@ автоматически превратится в ваш логин при сохранении страницы (но не при предварительном просмотре!). Но Вы можете озаглавить страницу любым другим образом. Для этого в начале строки, которую вы хотите сделать заголовком, надо поставить знак =, после него пробел, а в конце этой строки — пробел и снова знак =.

В строке с заголовком после закрывающего строку символа = не должно быть пробелов или каких-нибудь других символов!

• Можно оставить свой e-mail в формате защиты от спама, краткое объяснение, как это работает, вставил в шаблон в виде комментария. Пример:

<<MailTo(nemo AT fbb DOT msu DOT ru)>>

Советую периодически нажимать кнопку "Preview" (не знаю, как она называется в русской версии интерфейса, сами догадаетесь). После этого внизу страницы появляется предпросмотр того, что вы написали. Если вас всё устраивает, то можете нажимать "Save Changes", если нет, то продолжайте редактирование. Когда вас всё будет устраивать, нажмите "Save Changes" (если вы этого не сделаете, а просто закроете вкладку, ваша работа пропадёт).