2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство
Результаты Только для студентов и преподавателей
При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.
Записаться в очередь на проверку
Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий
Список записавшихся в очередь на проверку
Блок 1: Два занятия. Знакомство, настройка учётных записей, первые задания
1. Знакомство.
6 сентября 2024
[ презентация (А.Д.Ливенский) ] [ презентация (А.В.Алексеевский) ]
[ задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения к заданию ] [ как выполнить задание ]
[ домашнее задание на 13 сентября ]
2. Геном бактерии как файл.
13 сентября 2024
А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, И.С. Русинов, Д.В. Диброва, В.В. Панова
[ презентация (А.В.Алексеевский) ] [ презентация (С.А.Спирин) ]
Блок 2: Командная строка Linux
3. Bash. SSH. Работа с файлами.
20 сентября 2024
И. Русинов, А.В. Алексеевский, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин, В. Панова
4. SFTP, спец. символы bash, текстовые файлы.
27 сентября 2024
И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин, Ю. Алешина
5. Потоки ввода/вывода, работа с текстом.
4 октября 2024
И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин
[ презентация (И.Ильницкий) ] [ видеозапись с 2021 года ]
6. Права доступа, сценарии. Контрольная.
11 октября 2024
И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин
[ презентация (И.Ильницкий) ] [ видеозапись с 2021 года ]
[ задания ] [ список тем контрольной ]
Блок 3: Электронные таблицы
7. Импорт данных, базовые понятия и навыки
18 октября 2024
Первое задание в контрольном задании, выполняемом в классе 18 октября
- Создайте документ Google Sheets для выполнения заданий блока "электронные таблицы".
- Назовите его вашим пользовательским именем_ET. Например, aba_ET было бы у меня потому, что вхожу на kodomo с пользовательским именем aba (ААл)
- На своей wiki странице напишите заголовок Блок 3 Электронные таблицы (ЭТ) и под ним - ссылку на созданный вами документ Google Sheets.
Каждое задание следует выполнять на отдельном листе (sheet) этого документа (или в LibreOffice Calc и переносить на страницу Google Sheets)
Можно и советуем выполнить это задание заранее для экономии времени на занятии.
Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов
[ презентация (А.В.Алексеевский) ]
[ задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения, как выполнить задание ]
[ домашнее задание на 25 октября ]
8. Другие методы ЭТ. Мини-обзор генома бактерий: темы
25 октября 2023
Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов
[ презентация (А.В.Алексеевский) ]
[ Задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения как выполнить задание 1 ]
[ домашнее задание на 1 ноября ] [ выполнение каких заданий достаточно для зачёта пр8 и блока 3 ]
Блок 4: Программирование на Python
9. Базовый Python
1 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 8 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8
10. f-строки. Условные конструкции и цикл for.
8 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 15 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8.
11. Цикл while. Списки.
15 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 22 ноября 9:00. Обязательных заданий: 10
12. Словари. Множества.
22 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Алексей Школиков
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 29 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8
13. Small talk о мини-обзоре. Модули. Файлы: чтение.
29 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Алексей Школиков
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 6 декабря 9:00. Обязательных заданий: 8.
14. Файлы: чтение, запись, парсинг. Простейшие графики
6 декабря 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ][ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 19 декабря 23:59. Обязательных заданий: 6.
[ Домашнее задание, часть 2. ] Присылайте результаты на почту pymsu@mail.ru. Дедлайн: 18 декабря 23:59.
Блок 5: Мини-обзор
Студент НЕ ВЫПОЛНЯЕТ В МИНИ-ОБЗОРЕ ЗАДАНИЯ, заданные “учителем” – время школы прошло для вас.
Поэтому апелляции в тексте типа "Нам так задали" или "в указаниях так написано" неуместны в мини-обзоре
Студент пишет обзор того что, успел узнать о выбранной бактерии, её геноме, генах и белках. Он отвечает за то, что написал текст самостоятельно и за то, что в источниках, на которые он ссылается, написано именно то, что взято в текст мини-обзора из источника
ААл
Мини-обзор должен быть готов в понедельник 9 декабря. Это значит, что к полуночи 9 декабря на вашей вики-странице должна появиться ссылка на pdf с обзором, и вы запишетесь в очередь на проверку (пункт mini_review). Начиная с раннего утра 10 декабря преподаватели будут читать ваши обзоры. 13 декабря каждый студент, сдавший обзор вовремя, должен будет "защитить" свою работу, а именно, побеседовать с прочитавшим его обзор преподавателем, ответить на вопросы, выслушать замечания.
[ Презентация ААл про мини-обзор ]
[ Немного о правилах оформления печатного текста (САС) ]
[ Шаблоны оформления статей ]
Другие шаблоны можно найти на сайтах журналов, например:"BMC Bioinformatics", "Journal of Computational Biology", "PLoS Computational Biology", "Briefings in Bioinformatics", ... Рекомендуется ориентироваться на какой-нибудь из образцов: порядок и форматирование разделов, оформление таблиц, рисунков, списка литературы и ссылок на литературу.